.BAM - นามสกุลไฟล์

ไฟล์ BAM คืออะไร?

ไฟล์ BAM ( แผนที่การจัดตำแหน่งไบนารี ) เป็นรูปแบบไฟล์ที่ใช้ในการจัดเก็บผลลัพธ์ของการจัดลำดับการจัดลำดับการอ่านให้กับจีโนมอ้างอิง มันเป็นไฟล์ SAM รุ่นไบนารีที่บีบอัดซึ่งเป็นรูปแบบที่มนุษย์อ่านได้มากขึ้น ไฟล์ BAM มีขนาดเล็กและมีประสิทธิภาพมากขึ้นในการจัดเก็บและทำงานกับไฟล์ SAM ทำให้เป็นรูปแบบที่ต้องการสำหรับการจัดเก็บและวิเคราะห์ข้อมูลการเรียงลำดับจำนวนมาก

ไฟล์ BAM ประกอบด้วยสองส่วนหลัก:

• ส่วนหัว : ส่วนส่วนหัวมีข้อมูลเกี่ยวกับจีโนมอ้างอิงและการอ่านลำดับเช่นชื่อตัวอย่างแพลตฟอร์มลำดับและความยาวการอ่าน
• ส่วนการจัดตำแหน่ง: ส่วนการจัดตำแหน่งมีการอ่านที่จัดตำแหน่งซึ่งแสดงเป็นชุดของบันทึก แต่ละระเบียนมีข้อมูลเกี่ยวกับการอ่านเช่นลำดับตำแหน่งในจีโนมอ้างอิงและคะแนนคุณภาพ

ไฟล์ BAM ใช้สำหรับวัตถุประสงค์ที่หลากหลายในฟังก์ชั่นรวมถึง:

• การโทรที่หลากหลาย: การระบุตัวแปรทางพันธุกรรมเช่น polymorphisms (SNPs) เดียว (SNPs) และการแทรกและการลบ (indels)
• การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน: การหาปริมาณการแสดงออกของยีนในตัวอย่าง
• การประกอบจีโนม: การรวบรวมจีโนมของสิ่งมีชีวิตใหม่
• Epigenomics: ศึกษาการปรับเปลี่ยน epigenetic ของ DNA

ในการเปิดและวิเคราะห์ไฟล์ BAM คุณสามารถใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ที่หลากหลายเช่น Samtool S, BWA และ GATK เครื่องมือเหล่านี้สามารถใช้ในการดำเนินการที่หลากหลายในไฟล์ BAM เช่นการกรองการอ่านการแปลงรูปแบบและตัวแปรการโทร

. BAM เป็นรูปแบบไฟล์เพลง Adlib ของ Bob หรือไม่?

บางครั้ง, . BAM สามารถเป็นส่วนขยายสำหรับ รูปแบบไฟล์เพลง Adlib ของ Bob - รูปแบบนี้ใช้งานได้ทั่วไปน้อยกว่า ไฟล์ BAM กว่าไฟล์แผนที่การจัดตำแหน่งไบนารี รูปแบบนี้ได้รับการพัฒนาโดย Britech International/Hamster Republic Productions เพื่อใช้กับ Adlib Sound Card มันเป็นรูปแบบไพเราะที่ออกแบบมาเพื่อใช้ประโยชน์จากความสามารถในการสังเคราะห์ FM ของชิป Adlib ไฟล์ BAM ไม่ได้เป็นเรื่องธรรมดาเหมือนที่เคยเป็นมา แต่พวกเขายังสามารถเล่นได้โดยใช้ adlib emulators หรือผู้เล่นซอฟต์แวร์เช่น Adplug หรือ Hamusic
ในบทความนี้เราพูดถึง ไฟล์ BAM เป็น ไฟล์แผนที่การจัดตำแหน่งไบนารี

การเปิดไฟล์ BAM :

การเปิดไฟล์ BAM มักจะเกี่ยวข้องกับการใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์พิเศษที่ออกแบบมาเพื่อจัดการรูปแบบข้อมูลเหล่านี้ เครื่องมือที่ใช้กันทั่วไปบางอย่าง ได้แก่ :

1. Samtools : Samtool S เป็นเครื่องมือที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการจัดการข้อมูลการจัดเรียงลำดับรวมถึงไฟล์ BAM มันสามารถเปิดดูและจัดการไฟล์ BAM ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายสำหรับการวิเคราะห์จีโนมต่างๆ

2. IGV (ผู้ดูจีโนมอินทิกเรตต์) : IGV เป็นตัวชมกราฟิกสำหรับข้อมูลจีโนมรวมถึงไฟล์ BAM มันให้การแสดงภาพของการอ่านที่จัดตำแหน่งช่วยให้สามารถตรวจสอบและวิเคราะห์ข้อมูลการจัดตำแหน่งได้ง่าย

3. GenomeViewers : GenomeViewers เป็นเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่ออกแบบมาเพื่อแสดงข้อมูลจีโนมรวมถึงไฟล์ BAM พวกเขาเสนอการสร้างภาพข้อมูลแบบโต้ตอบของข้อมูลการจัดตำแหน่งทำให้นักวิจัยสามารถสำรวจและวิเคราะห์ข้อมูลในลักษณะที่ใช้งานง่ายมากขึ้น

ไฟล์ Sam vs. BAM :

SAM (แผนที่การจัดตำแหน่งลำดับ) และ BAM (แผนที่การจัดตำแหน่งไบนารี) เป็นรูปแบบไฟล์ทั้งสองที่ใช้ในการจัดเก็บข้อมูลการจัดเรียงลำดับ อย่างไรก็ตามพวกเขาแตกต่างกันในการจัดเก็บและการเป็นตัวแทนของพวกเขา:

1. SAM : ไฟล์ SAM เป็นไฟล์ข้อความที่มนุษย์อ่านได้ซึ่งมีข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับการอ่านที่จัดเรียงรวมถึงลำดับตำแหน่งในจีโนมอ้างอิงและคะแนนคุณภาพ

2. BAM : ไฟล์ BAM เป็นไฟล์ SAM รุ่นไบนารีบีบอัด พวกเขามีขนาดเล็กและมีประสิทธิภาพมากขึ้นในการจัดเก็บและดำเนินการทำให้เป็นรูปแบบที่ต้องการสำหรับการจัดการชุดข้อมูลขนาดใหญ่

แปลง แบม เป็นแซม:

การแปลงไฟล์ BAM เป็นไฟล์ SAM เกี่ยวข้องกับการบีบอัดข้อมูลไบนารีและแปลงกลับเป็นรูปแบบข้อความ สามารถทำได้โดยใช้เครื่องมือต่อไปนี้:

1. Samtool S: Samtool S ให้คำสั่ง samtools view เพื่อแปลงไฟล์ BAM เป็นไฟล์ SAM

2. Bedtools: Bedtools เป็นอีกเครื่องมือหนึ่งที่สามารถแปลงไฟล์ BAM เป็นไฟล์ SAM โดยใช้คำสั่ง bedtools bamtobed

วิเคราะห์ไฟล์ BAM :

การวิเคราะห์ไฟล์ BAM เกี่ยวข้องกับการใช้วิธีการคำนวณต่าง ๆ เพื่อแยกข้อมูลที่มีความหมายจากข้อมูลการจัดตำแหน่ง งานวิเคราะห์ทั่วไป ได้แก่ :

1. การโทรที่หลากหลาย: การระบุตัวแปรทางพันธุกรรมเช่น polymorphisms (SNPs) เดียว (SNPs) และการแทรกและการลบ (indels)

2. การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน: การหาปริมาณการแสดงออกของยีนในตัวอย่าง

3. การประกอบจีโนม: การรวบรวมจีโนมของสิ่งมีชีวิตใหม่

4. Epigenomics: ศึกษาการปรับเปลี่ยน epigenetic ของ DNA

ปัญหาทั่วไปเกี่ยวกับไฟล์ BAM และโซลูชัน:

1. ไฟล์ bam ที่เสียหาย: ไฟล์ BAM ที่เสียหายสามารถนำไปสู่ข้อผิดพลาดในระหว่างการวิเคราะห์ ใช้เครื่องมือเช่น samtools check เพื่อระบุและซ่อมแซมไฟล์ BAM ที่เสียหาย

2. การจัดทำดัชนีที่ไม่เหมาะสม: การจัดทำดัชนีไฟล์ BAM ปรับปรุงประสิทธิภาพการดึงข้อมูล ใช้เครื่องมือเช่น samtools index เพื่อดัชนีไฟล์ BAM

3. ข้อมูลที่ไม่สอดคล้องกัน: ตรวจสอบความไม่สอดคล้องกันในข้อมูลเมตาและการจัดตำแหน่งโดยใช้เครื่องมือเช่น samtools view

การใช้ Samtool S เพื่อจัดการไฟล์ BAM :

Samtool S เป็นเครื่องมือที่หลากหลายสำหรับการจัดการไฟล์ BAM มันมีคำสั่งต่าง ๆ สำหรับงานเช่น:

1. การดูไฟล์ BAM : ใช้ samtools view เพื่อแสดงเนื้อหาของไฟล์ BAM

2. การเรียงลำดับไฟล์ BAM : ใช้ samtools sort เพื่อเรียงลำดับไฟล์ BAM ตามพิกัด

3. การกรองไฟล์ BAM : ใช้ samtools view พร้อมตัวเลือกการกรองเพื่อเลือกการอ่านเฉพาะตามเกณฑ์ต่างๆ

4. การรวมไฟล์ BAM : ใช้ samtools merge เพื่อรวมไฟล์ BAM หลายไฟล์ไว้ในไฟล์เดียว

5. การแปลงไฟล์ BAM เป็นรูปแบบอื่น ๆ : ใช้ samtools view ด้วยตัวเลือกเอาต์พุตเพื่อแปลงไฟล์ BAM เป็นรูปแบบอื่น ๆ เช่น SAM หรือ BED

โปรดจำไว้ว่าเครื่องมือเฉพาะและการใช้คำสั่งอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับลักษณะงานและข้อมูล