Wat is een BAM -bestand?
Een BAM -bestand ( binaire uitlijningskaart ) is een bestandsformaat dat wordt gebruikt om de resultaten van het uitlijnen van sequencing op te slaan naar een referentiegenoom. Het is een gecomprimeerde binaire versie van een SAM-bestand, dat een meer door de mens leesbaar formaat is. BAM -bestanden zijn kleiner en efficiënter om op te slaan en mee te werken dan SAM -bestanden, waardoor ze het voorkeursformaat zijn voor het opslaan en analyseren van grote hoeveelheden sequentiegegevens.
BAM -bestanden zijn samengesteld uit twee hoofdsecties:
- Header : de koptekstsectie bevat informatie over het referentiegenoom en de sequencing leest, zoals de voorbeeldnaam, het sequencingplatform en de leeslengte.
- Afstemming Sectie: De sectie Uitlijning bevat de uitgelijnde lezingen, die worden weergegeven als een reeks records. Elk record bevat informatie over de lees, zoals zijn volgorde, zijn positie in het referentiegenoom en de kwaliteitsscore.
BAM -bestanden worden gebruikt voor verschillende doeleinden in genomics, waaronder:
- Variantaanroepen: identificerende genetische varianten, zoals single-nucleotide polymorfismen (SNP's) en inserties en deleties (indels).
- Genexpressieanalyse: kwantificering van de expressie van genen in een monster.
- Genoom Assemblage: het samenstellen van het genoom van een nieuw organisme.
- Epigenomics: het bestuderen van de epigenetische modificaties van DNA.
Om BAM -bestanden te openen en te analyseren, kunt u verschillende softwaretools gebruiken, zoals Samtool S, BWA en GATK. Deze tools kunnen worden gebruikt om verschillende bewerkingen op BAM -bestanden uit te voeren, zoals het filteren van lezingen, het converteren van formaten en het oproepen van varianten.
. BAM is Bob's adlib -muziekbestandsformaat?
Soms, .
BAM kan een uitbreiding zijn voor
Bob's ADLIB -muziekbestandsformaat - dit formaat is minder gebruikelijk gebruik van.
BAM -bestand dan binair uitlijningskaartbestand. Dit formaat is ontwikkeld door Productions van Britech International/Hamster Republic voor gebruik met hun ADLIB -geluidskaart. Het is een melodisch formaat dat is ontworpen om goed gebruik te maken van de FM -synthesemogelijkheden van de ADLIB -chip.
BAM -bestanden zijn niet zo gebruikelijk als ze ooit waren, maar ze kunnen nog steeds worden gespeeld met behulp van ADLIB -emulators of softwarespelers zoals Adplug of Hamusic.
In dit artikel vermelden we het.
BAM -bestand als
binair uitlijningskaartbestand .
Een BAM -bestand openen:
Het openen van een BAM -bestand omvat meestal het gebruik van gespecialiseerde softwaretools die zijn ontworpen om deze gegevensformaten te verwerken. Sommige veelgebruikte tools zijn:
Samtools : Samtool S is een veelgebruikte tool voor het manipuleren van sequentie -uitlijningsgegevens, inclusief BAM -bestanden. Het kan BAM -bestanden openen, bekijken en manipuleren, waardoor het een veelzijdig hulpmiddel is voor verschillende genomische analyses.
IGV (Integrative Genomics Viewer) : IGV is een grafische kijker voor genomische gegevens, inclusief BAM -bestanden. Het biedt een visuele weergave van de uitgelijnde lezingen, waardoor een gemakkelijke inspectie en analyse van de uitlijningsgegevens mogelijk is.
Genomeviewerers : Genomeviewers zijn softwaretools die zijn ontworpen om genomische gegevens te visualiseren, inclusief BAM -bestanden. Ze bieden interactieve visualisaties van de uitlijningsgegevens, waardoor onderzoekers de gegevens op een meer intuïtieve manier kunnen verkennen en analyseren.
Sam vs. BAM -bestanden:
SAM (sequentie -uitlijningskaart) en BAM (binaire uitlijningskaart) zijn beide bestandsindelingen die worden gebruikt om sequentie -uitlijningsgegevens op te slaan. Ze verschillen echter in hun opslag en weergave:
SAM : SAM-bestanden zijn door mensen leesbare tekstbestanden die gedetailleerde informatie bevatten over de uitgelijnde lezingen, inclusief hun volgorde, positie in het referentiegenoom en kwaliteitsscore.
BAM : BAM -bestanden zijn gecomprimeerde binaire versies van SAM -bestanden. Ze zijn kleiner en efficiënter om op te slaan en te verwerken, waardoor ze het voorkeursformaat zijn voor het verwerken van grote datasets.
BAM omzetten naar Sam:
Het converteren van een BAM -bestand naar een SAM -bestand omvat het decomprimeren van de binaire gegevens en het terugzetten naar het tekstformaat. Dit kan worden bereikt met behulp van de volgende tools:
Samtool S: Samtool S biedt de opdracht samtools view om BAM -bestanden naar SAM -bestanden te converteren.
Bedtools: Bedtools is een ander hulpmiddel dat BAM -bestanden naar SAM -bestanden kan converteren met de opdracht bedtools bamtobed .
BAM -bestanden analyseren:
Het analyseren van BAM -bestanden omvat het gebruik van verschillende rekenmethoden om betekenisvolle informatie uit de uitlijningsgegevens te halen. Gemeenschappelijke analytische taken zijn onder meer:
Variantaanroepen: identificerende genetische varianten, zoals single-nucleotide polymorfismen (SNP's) en inserties en deleties (indels).
Genexpressieanalyse: kwantificering van de expressie van genen in een monster.
Genoom Assemblage: het samenstellen van het genoom van een nieuw organisme.
Epigenomics: het bestuderen van de epigenetische modificaties van DNA.
Veel voorkomende problemen met BAM -bestanden en oplossingen:
Corrupted bam -bestanden: beschadigde BAM -bestanden kunnen tijdens de analyse leiden tot fouten. Gebruik tools zoals samtools check om beschadigde BAM -bestanden te identificeren en te repareren.
Onjuiste indexering: het indexeren van BAM -bestanden verbetert de efficiëntie van gegevens ophalen. Gebruik tools zoals samtools index om BAM -bestanden te indexeren.
Inconsistente gegevens: controleer op inconsistenties in de metadata- en uitlijningsgegevens met behulp van tools zoals samtools view .
Samtool S gebruiken om BAM -bestanden te manipuleren:
Samtool S is een veelzijdig hulpmiddel voor het manipuleren van BAM -bestanden. Het biedt verschillende opdrachten voor taken zoals:
BAM -bestanden bekijken: gebruik samtools view om de inhoud van een BAM -bestand weer te geven.
BAM -bestanden sorteren: gebruik samtools sort om BAM -bestanden te sorteren op basis van coördinaten.
BAM -bestanden filteren: gebruik samtools view met filteropties om specifieke lezingen te selecteren op basis van verschillende criteria.
BAM -bestanden samenvoegen: gebruik samtools merge om meerdere BAM -bestanden in één bestand te combineren.
BAM -bestanden converteren naar andere formaten: gebruik samtools view met uitvoeropties om BAM -bestanden te converteren naar andere formaten zoals Sam of Bed.
Vergeet niet dat het specifieke tool en het opdrachtgebruik kunnen variëren, afhankelijk van de taak- en gegevenskenmerken.