.bamは、バイナリアライメントマップファイルまたはBobのAdlib Musicファイルです。
| 特徴 | 説明 |
|---|---|
| ファイル形式 | バイナリアライメントマップ（BAM） |
| 目的 | シーケンス読み取りを参照ゲノムに整列させる結果を保存します |
| SAM形式よりも利点 | サイズが小さく、処理が速く、効率的なストレージ |
| アプリケーション | バリアント呼び出し、遺伝子発現分析、ゲノムアセンブリ、エピゲノミクス |
| 重要な機能 | 圧縮されたバイナリ形式、参照ゲノムと読み取り情報を含むヘッダーセクション、アライメント読み取りを含むアラインメントセクション |
| 操作のための一般的なツール | Samtools、BWA、GATK |
このページの内容
BAMファイル（バイナリアライメントマップ）は、リファレンスゲノムにシーケンス読み取りを調整する結果を保存するために使用されるファイル形式です。これは、SAMファイルの圧縮バイナリバージョンであり、より人間が読みやすい形式です。 BAMファイルは、SAMファイルよりも保存および操作がより小さく、より効率的であるため、大量のシーケンスデータを保存および分析するための優先形式になります。
BAMファイルは、2つの主要なセクションで構成されています。
BAMファイルは、以下を含む、ゲノミクスのさまざまな目的に使用されます。
BAMファイルを開いて分析するには、 Samtool S、BWA、GATKなどのさまざまなソフトウェアツールを使用できます。これらのツールは、読み取り、フォーマットの変換、バリアントの呼び出しなど、 BAMファイルでさまざまな操作を実行するために使用できます。
BAMファイルを開くには、通常、これらのデータ形式を処理するように設計された専門的なソフトウェアツールを使用します。一般的に使用されるツールには次のものがあります。
Samtools ： Samtool Sは、 BAMファイルを含むシーケンスアライメントデータを操作するための広く使用されているツールです。 BAMファイルを開き、表示し、操作することができ、さまざまなゲノム分析のための多用途のツールになります。
IGV（Integrative Genomics Viewer） ：IGVは、 BAMファイルを含むゲノムデータのグラフィカルな視聴者です。アラインされた読み取りを視覚的に表現し、アライメントデータを簡単に検査して分析できるようにします。
GenomeViewers ：GenomeViewersは、 BAMファイルを含むゲノムデータを視覚化するように設計されたソフトウェアツールです。アラインメントデータのインタラクティブな視覚化を提供し、研究者がより直感的な方法でデータを調査および分析できるようにします。
SAM （シーケンスアラインメントマップ）とBAM （バイナリアライメントマップ）はどちらも、シーケンスアライメントデータを保存するために使用されるファイル形式です。ただし、ストレージと表現が異なります。
SAM ：SAMファイルは、シーケンス、参照ゲノムの位置、品質スコアなど、アラインされた読み取りに関する詳細な情報を含む人間の読み取り可能なテキストファイルです。
BAM ： BAMファイルは、SAMファイルの圧縮バイナリバージョンです。それらはより小さく、より効率的であり、保存と処理を行うため、大規模なデータセットを処理するための優先形式になります。
BAMファイルをSAMファイルに変換するには、バイナリデータを減圧してテキスト形式に戻すことが含まれます。これは、次のツールを使用して実現できます。
Samtool S： Samtool Sは、 samtools viewコマンドを提供して、 BAMファイルをSAMファイルに変換します。
BedTools： BedToolsは、 bedtools bamtobedコマンドを使用してBAMファイルをSAMファイルに変換できるもう1つのツールです。
BAMファイルの分析には、さまざまな計算方法を使用して、アラインメントデータから意味のある情報を抽出することが含まれます。一般的な分析タスクには以下が含まれます。
バリアント呼び出し：単一ヌクレオチド多型（SNP）や挿入および欠失（インデル）などの遺伝的変異体の識別。
遺伝子発現分析：サンプル内の遺伝子の発現の定量化。
ゲノムアセンブリ：新しい生物のゲノムを組み立てる。
エピゲノミクス：DNAのエピジェネティックな修飾の研究。
破損したbamファイル：破損したBAMファイルは、分析中にエラーにつながる可能性があります。 samtools checkなどのツールを使用して、破損したBAMファイルを識別および修復します。
不適切なインデックス作成： Indexing BAMファイルにより、データの検索効率が向上します。 samtools indexなどのツールを使用して、 BAMファイルをインデックスします。
一貫性のないデータ： samtools viewなどのツールを使用して、メタデータとアライメントデータの矛盾を確認します。
Samtool Sは、 BAMファイルを操作するための汎用性の高いツールです。次のようなタスクにさまざまなコマンドを提供します。
BAMファイルの表示： samtools viewを使用して、 BAMファイルの内容を表示します。
BAMファイルのソート： samtools sortを使用して、座標に基づいてBAMファイルをソートします。
BAMファイルのフィルタリング： samtools viewフィルタリングオプションで使用して、さまざまな基準に基づいて特定の読み取りを選択します。
BAMファイルのマージ： samtools mergeを使用して、複数のBAMファイルを単一のファイルに結合します。
BAMファイルを他の形式に変換する： samtools view出力オプションで使用して、 BAMファイルをSamやBedなどの他の形式に変換します。
特定のツールとコマンドの使用は、タスクとデータの特性によって異なる場合があります。