.bam는 이진 정렬 맵 파일 또는 Bob의 Adlib Music 파일입니다.
| 특징 | 설명 |
|---|---|
| 파일 형식 | 이진 정렬 맵 (BAM) |
| 목적 | 시퀀싱을 참조 게놈에 정렬 한 결과를 저장합니다. |
| SAM 형식에 대한 장점 | 더 작은 크기, 더 빠른 처리, 효율적인 스토리지 |
| 응용 프로그램 | 변형 호출, 유전자 발현 분석, 게놈 어셈블리, 후성 유전학 |
| 주요 특징들 | 압축 이진 형식, 참조 게놈 및 읽기 정보를 포함하는 헤더 섹션, 정렬 된 판독 값을 포함하는 정렬 섹션 |
| 조작을위한 일반적인 도구 | Samtools, Bwa, Gatk |
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BAM 파일 ( Binary Alignment Map )은 시퀀싱을 참조 게놈에 저장하는 데 사용되는 파일 형식입니다. SAM 파일의 압축 바이너리 버전으로 인간이 읽을 수있는 형식입니다. BAM 파일은 SAM 파일보다 저장하고 작업하는 것이 작고 효율적이므로 많은 양의 시퀀싱 데이터를 저장하고 분석하는 데 선호하는 형식입니다.
BAM 파일은 두 가지 주요 섹션으로 구성됩니다.
BAM 파일은 다음을 포함하여 유전체학의 다양한 목적으로 사용됩니다.
BAM 파일을 열고 분석하려면 Samtool S, BWA 및 Gatk와 같은 다양한 소프트웨어 도구를 사용할 수 있습니다. 이 도구는 읽기 필터링, 형식 변환 및 변형 호출과 같은 BAM 파일에서 다양한 작업을 수행하는 데 사용될 수 있습니다.
BAM 파일을 열면 일반적으로 이러한 데이터 형식을 처리하도록 설계된 특수 소프트웨어 도구를 사용합니다. 일반적으로 사용되는 일부 도구는 다음과 같습니다.
SAMTOOLS : SAMTOOL S는 BAM 파일을 포함한 시퀀스 정렬 데이터를 조작하는 데 널리 사용되는 도구입니다. BAM 파일을 열고보기 및 조작 할 수있어 다양한 게놈 분석을위한 다양한 도구가 될 수 있습니다.
IGV (Integrative Genomics Viewer) : IGV는 BAM 파일을 포함한 게놈 데이터의 그래픽 뷰어입니다. 정렬 된 판독의 시각적 표현을 제공하여 정렬 데이터를 쉽게 검사하고 분석 할 수 있습니다.
GenomeViewers : GenomeViewers는 BAM 파일을 포함한 게놈 데이터를 시각화하도록 설계된 소프트웨어 도구입니다. 그들은 정렬 데이터의 대화식 시각화를 제공하여 연구원들이보다 직관적 인 방식으로 데이터를 탐색하고 분석 할 수있게합니다.
SAM (Sequence Alignment Map) 및 BAM (Binary Alignment Map)은 서열 정렬 데이터를 저장하는 데 사용되는 파일 형식입니다. 그러나 스토리지와 표현이 다릅니다.
SAM : SAM 파일은 시퀀스, 기준 게놈의 위치 및 품질 점수를 포함하여 정렬 된 읽기에 대한 자세한 정보를 포함하는 사람이 읽을 수있는 텍스트 파일입니다.
BAM : BAM 파일은 SAM 파일의 압축 된 이진 버전입니다. 저장 및 처리가 작고 효율적이며 대형 데이터 세트를 처리하는 데 선호되는 형식이됩니다.
BAM 파일을 SAM 파일로 변환하려면 바이너리 데이터를 압축하고 텍스트 형식으로 다시 변환하는 것이 포함됩니다. 이것은 다음 도구를 사용하여 달성 할 수 있습니다.
Samtool S : Samtool S는 samtools view 명령을 제공하여 BAM 파일을 SAM 파일로 변환합니다.
BEDTOOLS : BEDTOOLS는 bedtools bamtobed 명령을 사용하여 BAM 파일을 SAM 파일로 변환 할 수있는 또 다른 도구입니다.
BAM 파일을 분석하려면 다양한 계산 방법을 사용하여 정렬 데이터에서 의미있는 정보를 추출합니다. 일반적인 분석 작업에는 다음이 포함됩니다.
변형 호출 : 단일-뉴클레오티드 다형성 (SNP) 및 삽입 및 결실 (Indels)과 같은 유전자 변이체를 식별합니다.
유전자 발현 분석 : 샘플에서 유전자의 발현을 정량화합니다.
게놈 조립 : 새로운 유기체의 게놈 조립.
후성 유전학 : DNA의 후성 유전 학적 변형 연구.
손상된 bam 파일 : 손상된 BAM 파일은 분석 중에 오류로 이어질 수 있습니다. samtools check 와 같은 도구를 사용하여 손상된 BAM 파일을 식별하고 수리하십시오.
부적절한 인덱싱 : BAM 파일 인덱싱은 데이터 검색 효율을 향상시킵니다. samtools index 과 같은 도구를 사용하여 BAM 파일을 색인하십시오.
일관성없는 데이터 : samtools view 와 같은 도구를 사용하여 메타 데이터의 불일치 및 정렬 데이터를 확인하십시오.
Samtool S는 BAM 파일을 조작하기위한 다양한 도구입니다. 다음과 같은 작업에 대한 다양한 명령을 제공합니다.
BAM 파일보기 : samtools view 사용하여 BAM 파일의 내용을 표시합니다.
BAM 파일 정렬 : samtools sort 사용하여 좌표를 기반으로 BAM 파일을 정렬합니다.
BAM 파일 필터링 : 필터링 옵션과 함께 samtools view 사용하여 다양한 기준을 기반으로 특정 읽기를 선택합니다.
BAM 파일 병합 : samtools merge 사용하여 여러 BAM 파일을 단일 파일로 결합합니다.
BAM 파일을 다른 형식으로 변환하십시오 : samtools view 사용하여 출력 옵션을 사용하여 BAM 파일을 SAM 또는 침대와 같은 다른 형식으로 변환합니다.
특정 도구 및 명령 사용량은 작업 및 데이터 특성에 따라 다를 수 있습니다.