Was ist eine BAM -Datei?
Eine BAM -Datei ( binäre Ausrichtungskarte ) ist ein Dateiformat, mit dem die Ergebnisse der Ausrichtung der Sequenzierung auf ein Referenzgenom gespeichert werden. Es handelt sich um eine komprimierte binäre Version einer SAM-Datei, die ein humanlesbareres Format ist. BAM -Dateien sind kleiner und effizienter zu speichern und mit SAM -Dateien zu arbeiten, was sie zum bevorzugten Format zum Speichern und Analysieren großer Mengen an Sequenzierungsdaten machen.
BAM -Dateien bestehen aus zwei Hauptabschnitten:
- Header : Der Header -Abschnitt enthält Informationen zum Referenzgenom und die Sequenzierung, z. B. den Beispielnamen, die Sequenzierungsplattform und die Leselänge.
- Abschnitt Ausrichtung: Der Abschnitt "Ausricht" enthält die ausgerichteten Lesevorgänge, die als Reihe von Datensätzen dargestellt werden. Jeder Datensatz enthält Informationen über die Lesen, wie z. B. seine Sequenz, seine Position im Referenzgenom und ihre Qualitätsbewertung.
BAM -Dateien werden für eine Vielzahl von Zwecken in der Genomik verwendet, darunter:
- Variante Aufruf: Identifizieren genetischer Varianten wie Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) sowie Insertionen und Deletionen (Indels).
- Genexpressionsanalyse: Quantifizierung der Expression von Genen in einer Probe.
- Genomanordnung: Zusammenstellung des Genoms eines neuen Organismus.
- Epigenomik: Untersuchung der epigenetischen Modifikationen von DNA.
Um BAM -Dateien zu öffnen und zu analysieren, können Sie eine Vielzahl von Softwaretools wie SAMTOOL S, BWA und GATK verwenden. Diese Tools können verwendet werden, um eine Vielzahl von Vorgängen in BAM -Dateien auszuführen, z. B. das Filtern von Lesevorgängen, die Konvertierung von Formaten und das Aufrufen von Varianten.
. Bam ist Bobs Adlib Music -Dateiformat?
Manchmal, .
BAM kann eine Erweiterung für
Bobs Adlib Music -Dateiformat sein - dieses Format ist weniger häufig verwendet.
BAM -Datei als binäre Ausrichtungskarte. Dieses Format wurde von Britech International/Hamster Republic Productions zur Verwendung mit ihrer Adlib Sound Card entwickelt. Es ist ein melodisches Format, das die FM -Synthesefunktionen des ADLIB -Chips gut nutzt.
BAM -Dateien sind nicht so häufig wie früher, aber sie können immer noch mit ADLIB -Emulatoren oder Softwarefunktionen wie Adplug oder Hamusic gespielt werden.
In diesem Artikel erwähnen wir.
BAM -Datei als
Binärausrichtungskarte .
Öffnen einer BAM -Datei:
Das Öffnen einer BAM -Datei umfasst in der Regel die Verwendung von speziellen Softwaretools, die für diese Datenformate entwickelt wurden. Einige häufig verwendete Tools umfassen:
SAMTOOLS : SAMTOOL S ist ein weit verbreitetes Tool zum Manipulieren von Sequenzausrichtungsdaten, einschließlich BAM -Dateien. Es kann BAM -Dateien öffnen, anzeigen und manipulieren, was es zu einem vielseitigen Tool für verschiedene genomische Analysen macht.
IGV (Integrative Genomics Viewer) : IGV ist ein grafischer Betrachter für genomische Daten, einschließlich BAM -Dateien. Es bietet eine visuelle Darstellung der ausgerichteten Lesevorgänge, die eine einfache Inspektion und Analyse der Ausrichtungsdaten ermöglicht.
Genomeviewer : GenomeViewer sind Softwaretools, die zur Visualisierung von genomischen Daten, einschließlich BAM -Dateien, so konzipiert sind. Sie bieten interaktive Visualisierungen der Ausrichtungsdaten an, sodass die Forscher die Daten intuitiver erforschen und analysieren können.
Sam vs. BAM -Dateien:
SAM (Sequence Alignment Map) und BAM (Binärausrichtungskarte) sind beide Dateiformate, mit denen Sequenz -Alignment -Daten gespeichert werden. Sie unterscheiden sich jedoch in ihrer Speicherung und Darstellung:
SAM : SAM-Dateien sind menschlich-lesbare Textdateien, die detaillierte Informationen zu den ausgerichteten Lesevorgängen enthalten, einschließlich ihrer Sequenz, der Position im Referenzgenom und der Qualitätsbewertung.
BAM : BAM -Dateien sind komprimierte binäre Versionen von SAM -Dateien. Sie sind kleiner und effizienter zu speichern und zu verarbeiten, wodurch sie zum bevorzugten Format für den Umgang mit großen Datensätzen werden.
BAM in Sam konvertieren:
Durch das Konvertieren einer BAM -Datei in eine SAM -Datei werden die Binärdaten dekomprimiert und sie wieder in das Textformat konvertiert. Dies kann mit den folgenden Tools erreicht werden:
SAMTOOL S: SAMTOOL S bietet den Befehl samtools view , um BAM -Dateien in Sam -Dateien umzuwandeln.
Bedtools: Bedtools ist ein weiteres Tool, mit dem BAM -Dateien mithilfe des Befehls bedtools bamtobed -Dateien in SAM -Dateien konvertieren können.
BAM -Dateien analysieren:
Durch die Analyse von BAM -Dateien werden verschiedene Rechenmethoden verwendet, um aus den Ausrichtungsdaten aussagekräftige Informationen zu extrahieren. Häufige analytische Aufgaben umfassen:
Variante Aufruf: Identifizieren genetischer Varianten wie Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) sowie Insertionen und Deletionen (Indels).
Genexpressionsanalyse: Quantifizierung der Expression von Genen in einer Probe.
Genomanordnung: Zusammenstellung des Genoms eines neuen Organismus.
Epigenomik: Untersuchung der epigenetischen Modifikationen von DNA.
Häufige Probleme mit BAM -Dateien und Lösungen:
Beschädigte bam -Dateien: beschädigte BAM -Dateien können während der Analyse zu Fehlern führen. Verwenden Sie Tools wie samtools check , um beschädigte BAM -Dateien zu identifizieren und zu reparieren.
Unsachgemäße Indizierung: Die Indexierung von BAM -Dateien verbessert die Effizienz des Datenabrufs. Verwenden Sie Tools wie samtools index um BAM -Dateien zu indexieren.
Inkonsistente Daten: Überprüfen Sie die Inkonsistenzen in den Metadaten- und Ausrichtungsdaten unter Verwendung von Tools wie samtools view .
Verwenden von Samtool S, um BAM -Dateien zu manipulieren:
SAMTOOL S ist ein vielseitiges Tool zum Manipulieren von BAM -Dateien. Es bietet verschiedene Befehle für Aufgaben wie:
BAM -Dateien anzeigen: Verwenden Sie samtools view , um den Inhalt einer BAM -Datei anzuzeigen.
Sortieren von BAM -Dateien: Verwenden Sie samtools sort , um BAM -Dateien basierend auf Koordinaten zu sortieren.
Filterungs -BAM -Dateien: Verwenden Sie samtools view mit Filteroptionen, um spezifische Lesevorgänge basierend auf verschiedenen Kriterien auszuwählen.
Zusammenführen von BAM -Dateien: Verwenden Sie samtools merge , um mehrere BAM -Dateien in einer einzelnen Datei zu kombinieren.
Konvertieren von BAM -Dateien in andere Formate: Verwenden Sie samtools view mit Ausgabeoptionen, um BAM -Dateien in andere Formate wie Sam oder Bed umzuwandeln.
Denken Sie daran, dass das spezifische Werkzeug und die Befehlsnutzung je nach Aufgabe und Dateneigenschaften variieren können.