Qu'est-ce qu'un fichier BAM ?
Un fichier BAM ( carte d'alignement binaire ) est un format de fichier utilisé pour stocker les résultats de l'alignement des lectures de séquençage sur un génome de référence. Il s'agit d'une version binaire compressée d'un fichier SAM, qui est un format plus lisible par l'homme. Les fichiers BAM sont plus petits et plus efficaces pour stocker et travailler avec les fichiers SAM, ce qui en fait le format préféré pour stocker et analyser de grandes quantités de données de séquençage.
Les fichiers BAM sont composés de deux sections principales:
- En-tête : La section d'en-tête contient des informations sur le génome de référence et le séquençage des lectures, telles que le nom de l'exemple, la plate-forme de séquençage et la longueur de lecture.
- Section d'alignement: La section d'alignement contient les lectures alignées, qui sont représentées comme une série d'enregistrements. Chaque enregistrement contient des informations sur la lecture, comme sa séquence, sa position dans le génome de référence et son score de qualité.
Les fichiers BAM sont utilisés à diverses fins en génomique, notamment:
- Appel variant: identification des variantes génétiques, telles que les polymorphismes monocléotidiques (SNP) et les insertions et les suppressions (indels).
- Analyse de l'expression des gènes: quantification de l'expression des gènes dans un échantillon.
- Assemblage du génome: assemblage du génome d'un nouvel organisme.
- Épigénomique: étudier les modifications épigénétiques de l'ADN.
Pour ouvrir et analyser les fichiers BAM , vous pouvez utiliser une variété d'outils logiciels, tels que Samtool S, BWA et GATK. Ces outils peuvent être utilisés pour effectuer une variété d'opérations sur des fichiers BAM , tels que le filtrage des lectures, la conversion de formats et les variantes d'appel.
. Bam est le format de fichier musical Adlib de Bob?
Parfois, .
BAM peut être une extension pour
le format de fichier musical Adlib de Bob - ce format est une utilisation moins courante de. Fichier
BAM que le fichier de carte d'alignement binaire. Ce format a été développé par Brittech International / Hamster Republic Productions pour une utilisation avec leur carte son Adlib. Il s'agit d'un format mélodique conçu pour faire bon usage des capacités de synthèse FM de la puce Adlib. Les fichiers
BAM ne sont pas aussi courants qu'ils l'étaient autrefois, mais ils peuvent toujours être joués à l'aide d'émulateurs Adlib ou de logiciels comme ADPLUG ou HAMUSIC.
Dans cet article, nous mentionnons à. Fichier
BAM comme
fichier de carte d'alignement binaire .
Ouverture d'un fichier BAM :
L'ouverture d'un fichier BAM implique généralement l'utilisation d'outils logiciels spécialisés conçus pour gérer ces formats de données. Certains outils couramment utilisés comprennent:
Samtools : Samtool S est un outil largement utilisé pour manipuler les données d'alignement de séquence, y compris les fichiers BAM . Il peut ouvrir, afficher et manipuler les fichiers BAM , ce qui en fait un outil polyvalent pour diverses analyses génomiques.
IGV (Integrative Genomics Viewer) : IGV est une visionneuse graphique pour les données génomiques, y compris les fichiers BAM . Il fournit une représentation visuelle des lectures alignées, permettant une inspection et une analyse faciles des données d'alignement.
GenomeViewers : GenomeViewers sont des outils logiciels conçus pour visualiser les données génomiques, y compris les fichiers BAM . Ils offrent des visualisations interactives des données d'alignement, permettant aux chercheurs d'explorer et d'analyser les données de manière plus intuitive.
Fichiers SAM vs BAM :
SAM (Map d'alignement de séquence) et BAM (carte d'alignement binaire) sont tous deux des formats de fichiers utilisés pour stocker les données d'alignement de séquence. Cependant, ils diffèrent dans leur stockage et leur représentation:
SAM : Les fichiers SAM sont des fichiers texte lisibles par l'homme qui contiennent des informations détaillées sur les lectures alignées, y compris leur séquence, leur position dans le génome de référence et le score de qualité.
BAM : Les fichiers BAM sont des versions binaires compressées des fichiers SAM. Ils sont plus petits et plus efficaces pour stocker et traiter, ce qui en fait le format préféré pour gérer de grands ensembles de données.
Conversion de Bam en Sam:
La conversion d'un fichier BAM en un fichier SAM implique la décompression des données binaires et la convertir au format texte. Cela peut être réalisé en utilisant les outils suivants:
SAMTOOL S: SAMTool S fournit la commande samtools view pour convertir les fichiers BAM en fichiers SAM.
BedTools: BedTools est un autre outil qui peut convertir les fichiers BAM en fichiers SAM à l'aide de la commande bedtools bamtobed .
Analyse des fichiers BAM :
L'analyse des fichiers BAM implique l'utilisation de diverses méthodes de calcul pour extraire des informations significatives à partir des données d'alignement. Les tâches analytiques courantes comprennent:
Appel variant: identification des variantes génétiques, telles que les polymorphismes monocléotidiques (SNP) et les insertions et les suppressions (indels).
Analyse de l'expression des gènes: quantification de l'expression des gènes dans un échantillon.
Assemblage du génome: assemblage du génome d'un nouvel organisme.
Épigénomique: étudier les modifications épigénétiques de l'ADN.
Problèmes communs avec les fichiers et solutions BAM :
Fichiers bam corrompus: les fichiers BAM corrompus peuvent entraîner des erreurs pendant l'analyse. Utilisez des outils comme samtools check pour identifier et réparer les fichiers BAM corrompus.
Indexation incorrecte: l'indexation des fichiers BAM améliore l'efficacité de la récupération des données. Utilisez des outils comme samtools index pour indexer les fichiers BAM .
Données incohérentes: vérifiez les incohérences dans les métadonnées et les données d'alignement à l'aide d'outils comme samtools view .
Utilisation de Samtool S pour manipuler les fichiers BAM :
Samtool S est un outil polyvalent pour manipuler les fichiers BAM . Il fournit diverses commandes pour les tâches telles que:
Affichage des fichiers BAM : utilisez samtools view pour afficher le contenu d'un fichier BAM .
Tri des fichiers BAM : utilisez samtools sort pour trier les fichiers BAM en fonction des coordonnées.
Filtrage des fichiers BAM : utilisez samtools view avec des options de filtrage pour sélectionner des lectures spécifiques en fonction de divers critères.
Fusion de fichiers BAM : Utilisez samtools merge pour combiner plusieurs fichiers BAM dans un seul fichier.
Convertir des fichiers BAM en autres formats: utilisez samtools view avec des options de sortie pour convertir les fichiers BAM en autres formats comme SAM ou BED.
N'oubliez pas que l'outil spécifique et l'utilisation des commandes peuvent varier en fonction des caractéristiques de la tâche et des données.