Что такое файл BAM ?
Файл BAM ( карта бинарного выравнивания ) - это формат файла, используемый для хранения результатов выравнивающих чтения секвенирования в эталонный геном. Это сжатая двоичная версия файла SAM, которая является более читаемым человеком форматом. Файлы BAM меньше и более эффективны для хранения и работы, чем файлы SAM, что делает их предпочтительным форматом для хранения и анализа больших объемов данных секвенирования.
Файлы BAM состоят из двух основных разделов:
- Заголовок : раздел заголовка содержит информацию о эталонном геноме и чтениях секвенирования, такую как имя выборки, платформа секвенирования и длину чтения.
- Раздел выравнивания: раздел выравнивания содержит выровненные чтения, которые представлены как серия записей. Каждая запись содержит информацию о чтении, такой как его последовательность, его позиция в эталонном геноме и его качество.
Файлы BAM используются для различных целей в геномике, в том числе:
- Вариант призыв: выявление генетических вариантов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и вставки и делеции (Indels).
- Анализ экспрессии генов: количественная оценка экспрессии генов в образце.
- Сборка генома: сборка генома нового организма.
- Эпигеномика: изучение эпигенетических модификаций ДНК.
Чтобы открыть и проанализировать файлы BAM , вы можете использовать различные программные инструменты, такие как Samtool S, BWA и GATK. Эти инструменты могут использоваться для выполнения различных операций в файлах BAM , таких как фильтрация чтения, преобразование форматов и вызова вариантов.
Полем Bam - это формат музыкального файла Adlib's Bob?
Иногда, .
BAM может быть расширением для
формата музыкального файла ADLIB от Bob - этот формат менее распространен. Файл
BAM , чем файл карты двоичного выравнивания. Этот формат был разработан Britech International/Hamster Republic Productions для использования с их звуковой картой Adlib. Это мелодичный формат, который предназначен для хорошего использования возможностей синтеза FM чипа ADLIB. Файлы
BAM не так распространены, как когда -то были, но они все еще могут быть воспроизведены с помощью эмуляторов ADLIB или игроков программного обеспечения, таких как Adplug или Hamusic.
В этой статье мы упоминаем. Файл
BAM в виде
бинарного файла карты выравнивания .
Открытие файла BAM :
Открытие файла BAM обычно включает в себя использование специализированных программных инструментов, предназначенных для обработки этих форматов данных. Некоторые часто используемые инструменты включают:
Samtools : Samtool S является широко используемым инструментом для манипулирования данных выравнивания последовательностей, включая файлы BAM . Он может открывать, просматривать и манипулировать файлами BAM , что делает его универсальным инструментом для различных геномных анализов.
IGV (Integrative Genomics Viewer) : IGV является графическим просмотром геномных данных, включая файлы BAM . Он обеспечивает визуальное представление о выровненных чтениях, что позволяет легко осмотреть и анализировать данные выравнивания.
Genomeviewers : Genomeviewers - это программные инструменты, предназначенные для визуализации геномных данных, включая файлы BAM . Они предлагают интерактивные визуализации данных выравнивания, позволяя исследователям изучать и анализировать данные более интуитивно понятным образом.
Сэм против BAM файлы:
SAM (карта выравнивания последовательности) и BAM (карта двоичного выравнивания) являются форматами файлов, используемых для хранения данных выравнивания последовательностей. Тем не менее, они отличаются по своему хранению и представлению:
SAM : Files SAM-это читаемые на человеку текстовые файлы, которые содержат подробную информацию о выровненных чтениях, включая их последовательность, позицию в эталонном геноме и оценку качества.
BAM : Файлы BAM являются сжатыми бинарными версиями файлов SAM. Они меньше и более эффективны для хранения и обработки, что делает их предпочтительным форматом для обработки больших наборов данных.
Преобразование BAM в Сэм:
Преобразование файла BAM в файл SAM включает в себя декомпрессия двоичных данных и преобразование его обратно в текстовый формат. Это может быть достигнуто с помощью следующих инструментов:
Samtool S: Samtool S предоставляет команду samtools view для преобразования файлов BAM в файлы SAM.
BedTools: BedTools - это еще один инструмент, который может преобразовать файлы BAM в файлы SAM, используя команду bedtools bamtobed .
Анализ файлов BAM :
Анализ файлов BAM включает использование различных вычислительных методов для извлечения значимой информации из данных выравнивания. Общие аналитические задачи включают:
Вариант призыв: выявление генетических вариантов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и вставки и делеции (Indels).
Анализ экспрессии генов: количественная оценка экспрессии генов в образце.
Сборка генома: сборка генома нового организма.
Эпигеномика: изучение эпигенетических модификаций ДНК.
Общие проблемы с файлами и решениями BAM :
Поврежденные файлы bam: поврежденные файлы BAM могут привести к ошибкам во время анализа. Используйте такие инструменты, как samtools check , чтобы идентифицировать и ремонтировать поврежденные файлы BAM .
Неправильная индексация: индексация файлов BAM повышает эффективность поиска данных. Используйте такие инструменты, как samtools index для индекса BAM -файлов.
Несоблюдения данных: проверьте на наличие несоответствий в данных метаданных и выравнивания, используя такие инструменты, как samtools view .
Использование Samtool S для манипулирования файлами BAM :
Samtool S является универсальным инструментом для манипулирования файлами BAM . Он предоставляет различные команды для таких задач, как:
Просмотр файлов BAM : используйте samtools view , чтобы отобразить содержимое файла BAM .
Сортировка файлов BAM : используйте samtools sort для сортировки файлов BAM на основе координат.
Фильтрация файлов BAM : используйте samtools view с параметрами фильтрации, чтобы выбрать конкретные чтения на основе различных критериев.
Слияние файлов BAM : используйте samtools merge , чтобы объединить несколько файлов BAM в один файл.
Преобразование файлов BAM в другие форматы: используйте samtools view с параметрами вывода для преобразования файлов BAM в другие форматы, такие как SAM или BED.
Помните, что конкретное использование инструмента и команды может варьироваться в зависимости от задачи и характеристик данных.