.BAM - Ekstensi Berkas

Apa itu file BAM ?

File BAM ( Binary Alignment Map ) adalah format file yang digunakan untuk menyimpan hasil dari sekuensing penyelarasan yang dibaca ke genom referensi. Ini adalah versi biner terkompresi dari file SAM, yang merupakan format yang lebih dapat dibaca manusia. File BAM lebih kecil dan lebih efisien untuk disimpan dan dikerjakan daripada file SAM, menjadikannya format yang disukai untuk menyimpan dan menganalisis sejumlah besar data sekuensing.

File BAM terdiri dari dua bagian utama:

• Header : Bagian header berisi informasi tentang genom referensi dan sekuensing dibaca, seperti nama sampel, platform pengurutan, dan panjang baca.
• Bagian Alignment: Bagian Alignment berisi bacaan yang selaras, yang direpresentasikan sebagai serangkaian catatan. Setiap catatan berisi informasi tentang bacaan, seperti urutannya, posisinya dalam genom referensi, dan skor kualitasnya.

File BAM digunakan untuk berbagai tujuan dalam genomik, termasuk:

• Varian Calling: Mengidentifikasi varian genetik, seperti polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dan penyisipan dan penghapusan (indels).
• Analisis Ekspresi Gen: Mengukur ekspresi gen dalam sampel.
• Majelis Genom: Merakit genom organisme baru.
• Epigenomik: Mempelajari modifikasi epigenetik DNA.

Untuk membuka dan menganalisis file BAM , Anda dapat menggunakan berbagai alat perangkat lunak, seperti Samtool S, BWA, dan Gatk. Alat -alat ini dapat digunakan untuk melakukan berbagai operasi pada file BAM , seperti penyaringan bacaan, mengkonversi format, dan varian panggilan.

. BAM adalah format file musik adlib Bob?

Kadang-kadang, . BAM dapat menjadi ekstensi untuk Format File Musik Adlib Bob - Format ini kurang umum digunakan. File BAM dari file peta penyelarasan biner. Format ini dikembangkan oleh Britech International/Hamster Republic Productions untuk digunakan dengan kartu suara Adlib mereka. Ini adalah format melodi yang dirancang untuk memanfaatkan kemampuan sintesis FM dengan baik dari chip ADLIB. File BAM tidak biasa seperti dulu, tetapi mereka masih dapat dimainkan menggunakan emulator adlib atau pemain perangkat lunak seperti Adplug atau Hamusic.
Dalam artikel ini, kami menyebutkan. File BAM sebagai File Peta Alignment Biner .

Membuka file BAM :

Membuka file BAM biasanya melibatkan penggunaan alat perangkat lunak khusus yang dirancang untuk menangani format data ini. Beberapa alat yang umum digunakan termasuk:

1. Samtools : Samtool S adalah alat yang banyak digunakan untuk memanipulasi data penyelarasan urutan, termasuk file BAM . Ini dapat membuka, melihat, dan memanipulasi file BAM , menjadikannya alat serba guna untuk berbagai analisis genom.

2. IGV (Penampil Genomik Integratif) : IGV adalah penampil grafis untuk data genomik, termasuk file BAM . Ini memberikan representasi visual dari bacaan yang disejajarkan, memungkinkan untuk inspeksi dan analisis yang mudah dari data penyelarasan.

3. Genomeviewers : Genomeviewers adalah alat perangkat lunak yang dirancang untuk memvisualisasikan data genomik, termasuk file BAM . Mereka menawarkan visualisasi interaktif dari data penyelarasan, memungkinkan para peneliti untuk mengeksplorasi dan menganalisis data dengan cara yang lebih intuitif.

File Sam vs. BAM :

SAM (Peta Penyelarasan Urutan) dan BAM (Binary Alignment Map) keduanya format file yang digunakan untuk menyimpan data penyelarasan urutan. Namun, mereka berbeda dalam penyimpanan dan representasi mereka:

1. SAM : File SAM adalah file teks yang dapat dibaca manusia yang berisi informasi terperinci tentang bacaan yang selaras, termasuk urutannya, posisi dalam genom referensi, dan skor kualitas.

2. BAM : File BAM adalah versi biner terkompresi dari file SAM. Mereka lebih kecil dan lebih efisien untuk disimpan dan diproses, menjadikannya format yang disukai untuk menangani kumpulan data besar.

Konversi BAM ke Sam:

Mengubah file BAM ke file SAM melibatkan dekompresi data biner dan mengonversinya kembali ke format teks. Ini dapat dicapai dengan menggunakan alat berikut:

1. Samtool S: Samtool S menyediakan perintah samtools view untuk mengonversi file BAM ke file SAM.

2. BedTools: BedTools adalah alat lain yang dapat mengonversi file BAM ke file SAM menggunakan perintah bedtools bamtobed .

Menganalisis file BAM :

Menganalisis file BAM melibatkan penggunaan berbagai metode komputasi untuk mengekstrak informasi yang bermakna dari data penyelarasan. Tugas analitik umum meliputi:

1. Varian Calling: Mengidentifikasi varian genetik, seperti polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dan penyisipan dan penghapusan (indels).

2. Analisis Ekspresi Gen: Mengukur ekspresi gen dalam sampel.

3. Majelis Genom: Merakit genom organisme baru.

4. Epigenomik: Mempelajari modifikasi epigenetik DNA.

Masalah umum dengan file dan solusi BAM :

1. File bam yang rusak: File BAM yang rusak dapat menyebabkan kesalahan selama analisis. Gunakan alat seperti samtools check untuk mengidentifikasi dan memperbaiki file BAM yang rusak.

2. Pengindeksan yang tidak tepat: Pengindeksan file BAM meningkatkan efisiensi pengambilan data. Gunakan alat seperti samtools index untuk mengindeks file BAM .

3. Data yang tidak konsisten: Periksa ketidakkonsistenan dalam data metadata dan penyelarasan menggunakan alat seperti samtools view .

Menggunakan Samtool S untuk memanipulasi file BAM :

Samtool S adalah alat serbaguna untuk memanipulasi file BAM . Ini memberikan berbagai perintah untuk tugas seperti:

1. Melihat File BAM : Gunakan samtools view untuk menampilkan konten file BAM .

2. Menyortir file BAM : Gunakan samtools sort untuk mengurutkan file BAM berdasarkan koordinat.

3. Menyaring File BAM : Gunakan samtools view dengan opsi pemfilteran untuk memilih bacaan spesifik berdasarkan berbagai kriteria.

4. Menggabungkan File BAM : Gunakan samtools merge untuk menggabungkan beberapa file BAM menjadi satu file.

5. Mengonversi file BAM ke format lain: Gunakan samtools view dengan opsi output untuk mengonversi file BAM ke format lain seperti SAM atau BED.

Ingat, alat spesifik dan penggunaan perintah dapat bervariasi tergantung pada karakteristik tugas dan data.