.CRAM - นามสกุลไฟล์

รูปแบบไฟล์การจัดตำแหน่งที่ถูกบีบอัดที่พัฒนาโดย EBI ซึ่งเป็น outstation ของห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลยุโรป; จัดเก็บลำดับดีเอ็นเอสั้น ๆ อ่านการจัดตำแหน่งที่สร้างขึ้นจากการจัดตำแหน่งการอ่านสั้น ๆ เช่น BWA, BBMAP และ Blat

รูปแบบไฟล์ CRAM นั้นคล้ายคลึงกับรูปแบบไฟล์การจัดตำแหน่งไบนารี/แผนที่ (BAM) แต่คุณสมบัติการบีบอัดไฟล์ที่ดีขึ้นและรูปแบบไบนารีคอนเทนเนอร์ที่เน้นคอลัมน์ที่ปรับโครงสร้าง เมื่อปริมาณข้อมูลเพิ่มขึ้นในฟิลด์ซอฟต์แวร์ทางพันธุกรรมรูปแบบ CRAM ได้รับการออกแบบมาเพื่อลดการพิมพ์ดิสก์เท้าของข้อมูลการจัดตำแหน่ง

การจัดตำแหน่งการอ่านสั้น ๆ เป็นกระบวนการของการถอดรหัสที่ลำดับมาจากจีโนม สิ่งนี้อาจเป็นเรื่องยากเนื่องจากจีโนมอ้างอิงค่อนข้างใหญ่และคุณไม่ได้มองหาการจับคู่ที่แน่นอนในจีโนมอ้างอิง การจัดตำแหน่งการอ่านสั้น ๆ ใช้เพื่อค้นหาลำดับมหาศาลสำหรับการแข่งขันและการแข่งขันใกล้ เนื่องจากลำดับมีขนาดใหญ่มากการบีบอัดที่จัดทำโดยรูปแบบเช่น CRAM เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการรักษาขนาดไฟล์ที่จัดการได้