.CRAM - Estensione file

Formato di file di allineamento compresso sviluppato da EBI, una fuoriuscita del laboratorio di biologia molecolare europea; memorizza brevi allineamenti di lettura della sequenza di DNA generati da allineatori di lettura corti come BWA, BBMAP e BLAT.

Il formato di file CRAM è simile al formato di file Binary Allinement/Map (BAM) ma presenta una migliore compressione dei file e un formato contenitore binario orientato alla colonna ristrutturata. Man mano che i volumi di dati aumentano nel campo del software genetico, il formato CRAM è stato progettato per ridurre la stampa del piede disco dei dati di allineamento.

Allineamento di lettura breve è il processo di decifrazione da dove proviene una sequenza nel genoma. Questo può essere difficile poiché il genoma di riferimento è piuttosto grande e non stai sempre cercando corrispondenze esatte nel genoma di riferimento. Gli allineatori di lettura corti vengono utilizzati per cercare enormi sequenze per corrispondenze e quasi partite. Poiché le sequenze sono così grandi, la compressione fornita da formati come CRAM è necessaria per mantenere gestibili le dimensioni dei file.