.CRAM - ファイル拡張子

ヨーロッパの分子生物学研究所のアウトステーションであるEBIが開発した圧縮アライメントファイル形式。 BWA、BBMAP、BLATなどの短い読み取りアライナーから生成された短いDNAシーケンス読み取りアライメントを保存します。

CRAMファイル形式は、バイナリアライメント/マップ（BAM）ファイル形式に似ていますが、より良いファイル圧縮と再構築された列指向のバイナリコンテナ形式を備えています。遺伝ソフトウェア分野でデータ量が増加すると、CRAM形式は、アライメントデータのディスクフットプリントを減らすように設計されました。

短い読み取りアライメントは、ゲノムのシーケンスがどこから来るかを解読するプロセスです。参照ゲノムはかなり大きく、参照ゲノムの正確な一致を常に探しているわけではないため、これは困難です。短い読み取りアライナーを使用して、マッチとニアマッチの巨大なシーケンスを検索します。シーケンスは非常に大きいため、ファイルサイズを管理可能に保つためにCRAMのような形式で提供される圧縮が必要です。