.CRAM - Bestandsextensie

Gecomprimeerd uitlijningsbestandsformaat ontwikkeld door EBI, een buitenstation van het European Molecular Biology Laboratory; Stores korte DNA -sequentie gelezen uitlijningen gegenereerd van korte leesuitlijners zoals BWA, BBMAP en BLAT.

Het CRAM-bestandsformaat is vergelijkbaar met de binaire uitlijning/MAP (BAM) -bestandsindeling, maar heeft een betere bestandscompressie en een geherstructureerde kolom-georiënteerd binaire containerformaat. Naarmate datavolumes toenemen in het genetische softwareveld, werd het CRAM -formaat ontworpen om de schijfvoetafdruk van uitlijningsgegevens te verminderen.

Korte leesuitlijning is het proces van ontcijferen waarbij een sequentie vandaan komt in het genoom. Dit kan moeilijk zijn, omdat het referentiegenoom vrij groot is en je niet altijd op zoek bent naar exacte overeenkomsten in het referentiegenoom. Korte leesinstellingen worden gebruikt om enorme sequenties te zoeken voor wedstrijden en bijna-matches. Omdat de sequenties zo groot zijn, is compressie die wordt verstrekt door formaten zoals CRAM nodig om bestandsgroottes beheersbaar te houden.