.CRAM - Dateierweiterung

Das von EBI, einer Außenstation des europäischen Molekularbiologie -Labors, entwickelte Komprimierungsausrichtungsdatei -Format; Speichert kurze DNA -Sequenz -Les -Alignments, die aus kurzen Leseausrichtungen wie BWA, BBMAP und Blat erzeugt werden.

Das CRAM-Dateiformat ähnelt dem BAM-Dateiformat (Binary Alignment/MAP), verfügt jedoch über eine bessere Dateikomprimierung und ein umstrukturiertes Spalten-orientiertes Binärbehälterformat. Wenn das Datenvolumina im Bereich der genetischen Software zunimmt, wurde das CRAM -Format so gestaltet, dass die Datendaten für die Festplatte ausgerichtet sind.

Kurze Leseausrichtung ist der Entschlüsselungsprozess, an dem eine Sequenz im Genom stammt. Dies kann schwierig sein, da das Referenzgenom ziemlich groß ist und Sie nicht immer nach genauen Übereinstimmungen im Referenzgenom suchen. Kurzlesene Aligner werden verwendet, um riesige Sequenzen nach Übereinstimmungen und Beinaheübereinstimmungen zu durchsuchen. Da die Sequenzen so groß sind, ist die Komprimierung, die von Formaten wie CRAM bereitgestellt wird, für die Verwaltung der Dateigrößen erforderlich.