.CRAM - Extension de fichier

Format de fichiers d'alignement comprimé développé par EBI, une sortie du laboratoire européen de biologie moléculaire; Stores Stores Séquences de l'ADN courtes Alignements de lecture générés à partir d'aligneurs de lecture courts tels que BWA, BBMAP et BLAT.

Le format de fichier CRAM est similaire au format de fichier Alignement / MAP (MAP) binaire mais dispose d'une meilleure compression de fichiers et d'un format de conteneur binaire orienté vers la colonne restructurée. À mesure que les volumes de données augmentent dans le domaine du logiciel génétique, le format CRAM a été conçu pour réduire l'impression du pied du disque des données d'alignement.

L'alignement de lecture courte est le processus de déchiffrement d'où vient une séquence dans le génome. Cela peut être difficile car le génome de référence est assez grand et vous ne cherchez pas toujours des correspondances exactes dans le génome de référence. Les aligneurs de lecture courts sont utilisés pour rechercher d'énormes séquences pour les correspondances et les quais. Étant donné que les séquences sont si grandes, la compression fournie par des formats comme CRAM est nécessaire pour garder les tailles de fichiers gérables.