.CRAM - Phần mở rộng của tệp

Định dạng tệp căn chỉnh nén được phát triển bởi EBI, một phòng thí nghiệm sinh học phân tử châu Âu; Cửa hàng trình tự DNA ngắn đọc các sự sắp xếp được tạo từ các căn chỉnh đọc ngắn như BWA, BBMAP và BLAT.

Định dạng tệp CRAM tương tự như định dạng tệp Sắp xếp/Bản đồ nhị phân (BAM) nhưng có tính năng nén tệp tốt hơn và định dạng vùng chứa nhị phân hướng đến cột được cơ cấu lại. Khi khối lượng dữ liệu tăng trong trường phần mềm di truyền, định dạng CRAM được thiết kế để giảm bản in chân đĩa của dữ liệu căn chỉnh.

Căn chỉnh đọc ngắn là quá trình giải mã trong đó một chuỗi xuất phát từ bộ gen. Điều này có thể khó khăn vì bộ gen tham chiếu khá lớn và bạn không phải lúc nào cũng tìm kiếm các trận đấu chính xác trong bộ gen tham chiếu. Sắp xếp đọc ngắn được sử dụng để tìm kiếm các chuỗi khổng lồ cho các trận đấu và các trận đấu gần. Vì các chuỗi rất lớn, nên việc nén được cung cấp bởi các định dạng như CRAM là cần thiết để giữ cho kích thước tệp có thể quản lý được.