.FASTA - นามสกุลไฟล์

ไฟล์ .fasta คืออะไร?

ไฟล์ fasta เป็นรูปแบบข้อความสำหรับการแสดงลำดับนิวคลีโอไทด์หรือลำดับกรดอะมิโนซึ่งนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนแสดงโดยใช้รหัสตัวอักษรเดียว รูปแบบอนุญาตให้มีชื่อลำดับและความคิดเห็นเพื่อนำหน้าลำดับ

ไฟล์ Fasta เป็นรูปแบบทั่วไปสำหรับการจัดเก็บข้อมูลลำดับทางชีวภาพ พวกเขาถูกใช้โดยเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่หลากหลายสำหรับการวิจัยทางชีวสารสนเทศเช่นการจัดเรียงลำดับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการและการค้นหายีน

ไฟล์ fasta ประกอบด้วยสองส่วน:

• ส่วนหัว: นี่คือบรรทัดเดียวที่เริ่มต้นด้วยเครื่องหมายมากกว่า (>) ตามด้วยตัวระบุลำดับ ตัวระบุลำดับเป็นชื่อที่ไม่ซ้ำกันสำหรับลำดับ มันอาจเป็นข้อความใด ๆ แต่โดยทั่วไปจะเป็นชื่อของสิ่งมีชีวิตหรือแหล่งที่มาของลำดับ
• ลำดับ: นี่คือข้อมูลลำดับจริง มันเป็นสตริงตัวอักษรอย่างต่อเนื่องซึ่งเป็นตัวแทนของนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนในลำดับ

นี่คือตัวอย่างของไฟล์ fasta สำหรับลำดับ DNA:

 >DNA_sequence ATGCGGTCGAACGT

ในตัวอย่างนี้ส่วนหัวเริ่มต้นด้วยเครื่องหมาย (>) ที่มากขึ้นตามด้วยตัวระบุลำดับ DNA_sequence ข้อมูลลำดับจะเป็นสตริงตัวอักษรอย่างต่อเนื่อง ATGCGGTCGAACGT

นี่คือ ข้อดีบางประการของการใช้รูปแบบ fasta :

• มันเป็นรูปแบบที่ง่ายและอ่านง่าย
• เป็นรูปแบบที่ได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวางและมีเครื่องมือซอฟต์แวร์มากมายที่สามารถอ่านและเขียนไฟล์ fasta ได้
• มันเป็นรูปแบบขนาดกะทัดรัดซึ่งทำให้มีประสิทธิภาพสำหรับการจัดเก็บและถ่ายโอนข้อมูลลำดับ

นี่คือ ข้อเสียบางประการของการใช้รูปแบบ fasta :

• ไม่รองรับคุณสมบัติเช่นช่องว่างและโครงสร้างรอง
• อาจเป็นเรื่องยากที่จะค้นหาลำดับในไฟล์ fasta
• ไม่ใช่รูปแบบการอธิบายตัวเองซึ่งหมายความว่าซอฟต์แวร์ที่อ่านไฟล์จะต้องรู้รูปแบบเพื่อตีความอย่างถูกต้อง

โดยรวมแล้ว รูปแบบ fasta เป็นรูปแบบที่ง่ายและมีประสิทธิภาพสำหรับการจัดเก็บข้อมูลลำดับทางชีวภาพ ได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวางจากเครื่องมือซอฟต์แวร์และง่ายต่อการอ่านและเขียน อย่างไรก็ตามไม่สนับสนุนคุณสมบัติบางอย่างที่มีความสำคัญสำหรับบางแอปพลิเคชันเช่นช่องว่างและโครงสร้างรอง

วิธีเปิด, แก้ไขไฟล์ fasta?

มีหลายวิธีในการ เปิดและแก้ไขไฟล์ fasta นี่คือวิธีการทั่วไปบางประการ:

• การใช้ตัวแก้ไขข้อความ: ตัวแก้ไขข้อความใด ๆ สามารถใช้เพื่อเปิดและแก้ไขไฟล์ fasta อย่างไรก็ตามเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องทราบว่าตัวแก้ไขข้อความบางตัวไม่สามารถจัดรูปแบบไฟล์ได้อย่างถูกต้อง ตัวแก้ไขข้อความทั่วไปบางตัวที่สามารถใช้ในการเปิดและแก้ไขไฟล์ fasta รวมถึง Notepad, Sublime Text และ Atom
• การใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์: มีเครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์มากมายที่สามารถใช้ในการเปิดและแก้ไขไฟล์ fasta เครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศทั่วไปบางอย่างที่สามารถใช้ในการเปิดและแก้ไขไฟล์ fasta รวมถึง BioEdit , Geneious และ Sequencher
• การใช้ตัวแก้ไข fasta ออนไลน์: นอกจากนี้ยังมีตัวแก้ไข fasta ออนไลน์จำนวนหนึ่งที่สามารถใช้ในการเปิดและแก้ไขไฟล์ fasta บรรณาธิการ fasta ออนไลน์ยอดนิยมบางตัว ได้แก่ Fasta ID , Fasta Editor และ Fasta Online

หากต้องการเปิดไฟล์ fasta ในตัวแก้ไขข้อความเพียงดับเบิลคลิกที่ชื่อไฟล์ ไฟล์จะเปิดในตัวแก้ไขข้อความ ในการแก้ไขไฟล์เพียงทำการเปลี่ยนแปลงที่ต้องการจากนั้นบันทึกไฟล์

ในการเปิดไฟล์ fasta ในเครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์ให้เปิดเครื่องมือซอฟต์แวร์จากนั้นเลือกตัวเลือก "เปิด" หรือ "นำเข้า" เรียกดูไฟล์ fasta จากนั้นเลือกเพื่อเปิด ในการแก้ไขไฟล์ให้ทำการเปลี่ยนแปลงที่ต้องการจากนั้นบันทึกไฟล์

หากต้องการเปิดไฟล์ fasta ในตัวแก้ไข fasta ออนไลน์เพียงไปที่เว็บไซต์ของตัวแก้ไข fasta ออนไลน์จากนั้นอัปโหลดไฟล์ fasta ไฟล์จะเปิดในตัวแก้ไขออนไลน์ ในการแก้ไขไฟล์ให้ทำการเปลี่ยนแปลงที่ต้องการจากนั้นคลิกที่ปุ่ม "บันทึก"

นี่คือบางสิ่งที่ควรทราบเมื่อ เปิดและแก้ไขไฟล์ fasta :

• ตรวจสอบให้แน่ใจว่าเครื่องมือตัวแก้ไขข้อความหรือเครื่องมือซอฟต์แวร์ BioInformatics ที่คุณใช้สนับสนุนรูปแบบ fasta
• ระวังอย่าเปลี่ยนรูปแบบของไฟล์เนื่องจากอาจทำให้ไม่สามารถอ่านได้โดยเครื่องมือซอฟต์แวร์อื่น ๆ
• หากคุณกำลังแก้ไขไฟล์ fasta ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้บันทึกไฟล์ด้วยชื่อและส่วนขยายเดียวกัน สิ่งนี้จะป้องกันไม่ให้ไฟล์เสียหาย

จะแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่นได้อย่างไร?

ไฟล์ fasta สามารถแปลงเป็นรูปแบบไฟล์อื่น ๆ ที่หลากหลายรวมถึง:

• GenBank : รูปแบบ GenBank เป็นรูปแบบยอดนิยมสำหรับการจัดเก็บข้อมูลลำดับทางชีวภาพ มันเป็นรูปแบบที่มีโครงสร้างมากกว่า FASTA และยังสามารถเก็บข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับลำดับเช่นสิ่งมีชีวิตและแหล่งที่มาของลำดับ
• Phylip : รูปแบบไฟลิปเป็นรูปแบบสำหรับการจัดเก็บข้อมูลสายวิวัฒนาการ สามารถใช้ในการจัดเก็บไฟล์ fasta รวมถึงข้อมูลสายวิวัฒนาการประเภทอื่น ๆ
• Clustal : รูปแบบ clustal เป็นรูปแบบสำหรับการจัดเรียงลำดับหลายลำดับ มันสามารถใช้ในการจัดเก็บไฟล์ fasta รวมถึงการจัดเรียงลำดับหลายประเภทอื่น ๆ
• PFAM : รูปแบบ PFAM เป็นรูปแบบสำหรับการจัดเก็บตระกูลโปรตีน สามารถใช้ในการจัดเก็บไฟล์ fasta รวมถึงข้อมูลตระกูลโปรตีนประเภทอื่น ๆ
• MAF: รูปแบบ MAF เป็นรูปแบบสำหรับการจัดเรียงลำดับหลายลำดับด้วยช่องว่าง มันสามารถใช้ในการจัดเก็บไฟล์ fasta รวมถึงการจัดเรียงลำดับหลายประเภทด้วยช่องว่าง

มีหลายวิธีในการแปลง ไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่น นี่คือวิธีการทั่วไปบางประการ:

• การใช้ตัวแก้ไขข้อความ: ตัวแก้ไขข้อความใด ๆ สามารถใช้เพื่อแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่น อย่างไรก็ตามเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องทราบว่าตัวแก้ไขข้อความบางตัวไม่สามารถจัดรูปแบบไฟล์ได้อย่างถูกต้อง ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่นโดยใช้ตัวแก้ไขข้อความเพียงเปิดไฟล์ในตัวแก้ไขข้อความแล้วบันทึกในรูปแบบที่ต้องการ
• การใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์: มีเครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์จำนวนมากที่สามารถใช้ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่น ๆ เครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศทั่วไปที่สามารถใช้ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่น ๆ ได้แก่ BioEdit, Geneious และ Sequencher ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่นโดยใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ BioInformatics ให้เปิดเครื่องมือซอฟต์แวร์แล้วเลือกตัวเลือก "แปลง" หรือ "ส่งออก" เลือกไฟล์ fasta จากนั้นเลือกรูปแบบที่ต้องการเพื่อแปลงไฟล์เป็น
• การใช้ตัวแปลง fasta ออนไลน์: นอกจากนี้ยังมีตัวแปลง fasta ออนไลน์จำนวนหนึ่งที่สามารถใช้ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่น ๆ ตัวแปลง fasta ออนไลน์ยอดนิยมบางตัว ได้แก่ fasta ID, Editor fasta และ fasta Online ในการแปลงไฟล์ fasta เป็นรูปแบบอื่นโดยใช้ตัวแปลง fasta ออนไลน์เพียงไปที่เว็บไซต์ของตัวแปลง fasta ออนไลน์จากนั้นอัปโหลดไฟล์ fasta ไฟล์จะถูกแปลงเป็นรูปแบบที่ต้องการจากนั้นคุณสามารถดาวน์โหลดไฟล์ที่แปลงได้

การวิเคราะห์ไฟล์ fasta

มีหลายวิธีในการ วิเคราะห์ไฟล์ fasta นี่คือวิธีการทั่วไปบางประการ:

• การจัดตำแหน่งลำดับ: การจัดตำแหน่งลำดับเป็นกระบวนการของการจัดเรียงลำดับสองลำดับขึ้นไปเพื่อระบุความคล้ายคลึงและความแตกต่างระหว่างพวกเขา สิ่งนี้สามารถใช้เพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องเช่นยีนหรือโปรตีนจากสิ่งมีชีวิตเดียวกันหรือจากสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน
• การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ: การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการเป็นการศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการระหว่างสิ่งมีชีวิต สิ่งนี้สามารถทำได้โดยการจัดลำดับลำดับจากสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกันจากนั้นใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์เพื่ออนุมานต้นไม้วิวัฒนาการ
• การค้นหายีน: การค้นหายีนเป็นกระบวนการระบุยีนในลำดับดีเอ็นเอ สิ่งนี้สามารถทำได้โดยการค้นหาลำดับที่ตรงกับยีนที่รู้จักหรือโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์เพื่อสแกนลำดับสำหรับยีนที่มีศักยภาพ
• การทำนายโครงสร้างโปรตีน: การทำนายโครงสร้างโปรตีนเป็นกระบวนการของการทำนายโครงสร้างสามมิติของโปรตีนจากลำดับกรดอะมิโน สามารถทำได้โดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์เพื่อคำนวณพลังงานที่มีศักยภาพของโครงสร้างที่แตกต่างกันจากนั้นเลือกโครงสร้างด้วยพลังงานต่ำสุด
• การค้นพบ motif: การค้นหา motif เป็นกระบวนการของการระบุลำดับสั้น ๆ ที่ปรากฏบ่อยครั้งในชุดลำดับ สิ่งนี้สามารถใช้ในการระบุภูมิภาคที่อนุรักษ์ไว้ในยีนหรือโปรตีนซึ่งอาจมีความสำคัญต่อการทำงานหรือโครงสร้าง

นี่เป็นเพียงไม่กี่วิธีที่สามารถวิเคราะห์ไฟล์ fasta ได้ วิธีการเฉพาะที่ใช้จะขึ้นอยู่กับเป้าหมายของการวิเคราะห์

นี่คือเครื่องมือซอฟต์แวร์บางส่วนที่สามารถใช้ในการวิเคราะห์ไฟล์ fasta:

• Blast : Blast เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการจัดตำแหน่งลำดับ มันสามารถใช้ในการจัดลำดับสองลำดับขึ้นไปจากนั้นระบุความเหมือนและความแตกต่างระหว่างพวกเขา
• Clustalw : Clustalw เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการจัดตำแหน่งหลายลำดับ มันสามารถใช้ในการจัดลำดับหลายลำดับจากนั้นระบุความเหมือนและความแตกต่างระหว่างพวกเขา
• PHYML : PHYML เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ มันสามารถใช้เพื่ออนุมานต้นไม้วิวัฒนาการของชุดลำดับ
• Genemark: Genemark เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการค้นหายีน มันสามารถใช้เพื่อระบุยีนในลำดับดีเอ็นเอ
• Rosetta: Rosetta เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการทำนายโครงสร้างโปรตีน มันสามารถใช้ในการทำนายโครงสร้างสามมิติของโปรตีนจากลำดับกรดอะมิโน
• Meme: Meme เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการค้นหา motif มันสามารถใช้เพื่อระบุลำดับสั้น ๆ ที่ปรากฏบ่อยครั้งในชุดลำดับ