.fasta 파일이란 무엇입니까?
fasta 파일은 뉴클레오티드 또는 아미노산이 단일 레터 코드를 사용하여 표현되는 뉴클레오티드 서열 또는 아미노산 서열을 나타내는 텍스트 기반 형식이다. 형식은 시퀀스 이름과 주석이 시퀀스보다 우선합니다.
FASTA 파일은 생물학적 서열 데이터를 저장하기위한 일반적인 형식입니다. 그들은 서열 정렬, 계통 발생 학적 분석 및 유전자 발견과 같은 생물 정보학 연구를위한 다양한 소프트웨어 도구에 사용됩니다.
fasta 파일은 두 부분으로 구성됩니다.
- 헤더 : 이것은 (>) 부호로 시작하여 시퀀스 식별자가 이어지는 단일 줄입니다. 시퀀스 식별자는 시퀀스의 고유 한 이름입니다. 텍스트 일 수 있지만 일반적으로 유기체의 이름 또는 시퀀스의 원천입니다.
- 시퀀스 : 이것은 실제 시퀀스 데이터입니다. 그것은 서열의 뉴클레오티드 또는 아미노산을 나타내는 연속적인 문자입니다.
다음은 DNA 서열에 대한 fasta 파일의 예입니다.
>DNA_sequence ATGCGGTCGAACGT
이 예에서 헤더는 (>) 부호로 시작하고 시퀀스 식별자 DNA_sequence 로 시작합니다. 시퀀스 데이터는 ATGCGGTCGAACGT 연속 문자 문자열입니다.
다음은 fasta 형식을 사용하는 것의 몇 가지 장점 입니다.
- 간단하고 읽기 쉬운 형식입니다.
- 널리 지원되는 형식이며 fasta 파일을 읽고 쓸 수있는 소프트웨어 도구가 많이 있습니다.
- 소형 형식으로 시퀀스 데이터를 저장하고 전송하는 데 효율적입니다.
다음은 fasta 형식을 사용하는 데 도움이되는 몇 가지 단점 입니다.
- 갭 및 보조 구조와 같은 기능을 지원하지 않습니다.
- fasta 파일에서 시퀀스를 검색하기가 어려울 수 있습니다.
- 자체 설명 형식이 아니므로 파일을 읽는 소프트웨어가 올바르게 해석하려면 형식을 알아야합니다.
전반적으로 fasta 형식은 생물학적 서열 데이터를 저장하기위한 간단하고 효율적인 형식입니다. 소프트웨어 도구에 의해 널리 지원되며 읽고 쓰기 쉽습니다. 그러나 갭 및 보조 구조와 같은 일부 응용 프로그램에 중요한 일부 기능을 지원하지 않습니다.
fasta 파일을 열고 편집하는 방법?
fasta 파일을 열고 편집하는 방법에는 여러 가지가 있습니다. 몇 가지 일반적인 방법은 다음과 같습니다.
- 텍스트 편집기 사용 : 모든 텍스트 편집기를 사용하여 fasta 파일을 열고 편집 할 수 있습니다. 그러나 모든 텍스트 편집기가 파일을 올바르게 포맷하는 것은 아닙니다. fasta 파일을 열고 편집하는 데 사용할 수있는 일부 일반적인 텍스트 편집기에는 메모장, 숭고한 텍스트 및 Atom이 포함됩니다.
- 생물 정보학 소프트웨어 도구 사용 : fasta 파일을 열고 편집하는 데 사용할 수있는 많은 생물 정보학 소프트웨어 도구가 있습니다. fasta 파일을 열고 편집하는 데 사용할 수있는 일부 일반적인 생물 정보학 소프트웨어 도구에는 Bioedit , Geneious 및 Sequencher 가 포함됩니다.
- 온라인 fasta 편집기 사용 : fasta 파일을 열고 편집하는 데 사용할 수있는 여러 온라인 fasta 편집기도 있습니다. 인기있는 온라인 fasta 편집자로는 Fasta ID , Fasta 편집자 및 Fasta Online 이 있습니다.
텍스트 편집기에서 fasta 파일을 열려면 파일 이름을 두 번 클릭하십시오. 텍스트 편집기에서 파일이 열립니다. 파일을 편집하려면 원하는 변경을 한 다음 파일을 저장하십시오.
Bioinformatics 소프트웨어 도구에서 fasta 파일을 열려면 소프트웨어 도구를 시작한 다음 "열기"또는 "가져 오기"옵션을 선택하십시오. fasta 파일을 찾아서 선택하여 열어 엽니 다. 파일을 편집하려면 원하는 변경을 한 다음 파일을 저장하십시오.
온라인 fasta 편집기에서 fasta 파일을 열려면 온라인 fasta 편집기의 웹 사이트로 이동 한 다음 fasta 파일을 업로드하십시오. 파일은 온라인 편집기에서 열립니다. 파일을 편집하려면 원하는 변경을 한 다음 "저장"버튼을 클릭하십시오.
다음은 fasta 파일을 열고 편집 할 때 명심해야 할 사항입니다.
- 사용중인 텍스트 편집기 또는 생물 정보학 소프트웨어 도구가 fasta 형식을 지원하는지 확인하십시오.
- 다른 소프트웨어 도구는 파일 형식을 변경하지 않도록주의하십시오.
- fasta 파일을 편집하는 경우 동일한 이름과 확장자로 파일을 저장하십시오. 이렇게하면 파일이 손상되지 않습니다.
fasta 파일을 다른 형식으로 변환하는 방법은 무엇입니까?
fasta 파일은 다음을 포함하여 다양한 다른 파일 형식으로 변환 할 수 있습니다.
- GenBank : GenBank 형식은 생물학적 서열 데이터를 저장하는 데 인기있는 형식입니다. FASTA보다 구조화 된 형식이며 유기체 및 서열의 원천과 같은 서열에 대한 추가 정보를 저장할 수도 있습니다.
- Phylip : Phylip 형식은 계통 발생 학적 데이터를 저장하는 형식입니다. fasta 파일과 다른 유형의 계통 발생 학적 데이터를 저장하는 데 사용할 수 있습니다.
- clustal : clustal 형식은 다중 시퀀스 정렬을 저장하기위한 형식입니다. 다른 유형의 다중 시퀀스 정렬뿐만 아니라 fasta 파일을 저장하는 데 사용할 수 있습니다.
- PFAM : PFAM 형식은 단백질 패밀리를 저장하기위한 형식입니다. fasta 파일과 다른 유형의 단백질 패밀리 데이터를 저장하는 데 사용할 수 있습니다.
- MAF : MAF 형식은 갭으로 여러 시퀀스 정렬을 저장하는 형식입니다. fasta 파일뿐만 아니라 갭과의 다른 유형의 여러 시퀀스 정렬을 저장하는 데 사용할 수 있습니다.
fasta 파일을 다른 형식으로 변환하는 방법에는 여러 가지가 있습니다. 몇 가지 일반적인 방법은 다음과 같습니다.
- 텍스트 편집기 사용 : 모든 텍스트 편집기를 사용하여 fasta 파일을 다른 형식으로 변환 할 수 있습니다. 그러나 모든 텍스트 편집기가 파일을 올바르게 포맷하는 것은 아닙니다. 텍스트 편집기를 사용하여 fasta 파일을 다른 형식으로 변환하려면 텍스트 편집기에서 파일을 열고 원하는 형식으로 저장하십시오.
- 생물 정보학 소프트웨어 도구 사용 : fasta 파일을 다른 형식으로 변환하는 데 사용할 수있는 많은 생물 정보학 소프트웨어 도구가 있습니다. fasta 파일을 다른 형식으로 변환하는 데 사용할 수있는 일부 일반적인 생물 정보학 소프트웨어 도구에는 Bioedit, Geneious 및 Sequencher가 포함됩니다. 생물 정보학 소프트웨어 도구를 사용하여 fasta 파일을 다른 형식으로 변환하려면 소프트웨어 도구를 시작한 다음 "변환"또는 "내보내기"옵션을 선택하십시오. fasta 파일을 선택한 다음 원하는 형식을 선택하여 파일을 변환하십시오.
- 온라인 fasta 변환기 사용 : fasta 파일을 다른 형식으로 변환하는 데 사용할 수있는 여러 온라인 fasta 변환기도 있습니다. 인기있는 온라인 fasta 컨버터에는 fasta ID, fasta 편집기 및 fasta Online이 포함됩니다. 온라인 fasta 변환기를 사용하여 fasta 파일을 다른 형식으로 변환하려면 온라인 fasta 변환기의 웹 사이트로 이동 한 다음 fasta 파일을 업로드하십시오. 파일은 원하는 형식으로 변환 된 다음 변환 된 파일을 다운로드 할 수 있습니다.
fasta 파일 분석
fasta 파일을 분석하는 방법에는 여러 가지가 있습니다. 몇 가지 일반적인 방법은 다음과 같습니다.
- 서열 정렬 : 서열 정렬은 이들 사이의 유사성과 차이를 식별하기 위해 둘 이상의 서열을 정렬하는 과정이다. 이것은 동일한 유기체 또는 다른 유기체의 유전자 또는 단백질과 같은 관련 서열을 식별하는 데 사용될 수있다.
- 계통 발생 학적 분석 : 계통 발생 학적 분석은 유기체 간의 진화 관계에 대한 연구이다. 이것은 다른 유기체의 서열을 정렬 한 다음 컴퓨터 프로그램을 사용하여 진화 나무를 유추하여 수행 할 수 있습니다.
- 유전자 발견 : 유전자 발견은 DNA 서열에서 유전자를 식별하는 과정이다. 이것은 알려진 유전자와 일치하는 서열을 검색하거나 컴퓨터 프로그램을 사용하여 잠재적 유전자의 서열을 스캔함으로써 수행 할 수있다.
- 단백질 구조 예측 : 단백질 구조 예측은 아미노산 서열로부터 단백질의 3 차원 구조를 예측하는 과정이다. 이는 컴퓨터 프로그램을 사용하여 다른 구조의 잠재적 에너지를 계산 한 다음 가장 낮은 에너지로 구조를 선택하여 수행 할 수 있습니다.
- 모티프 찾기 : 모티프 발견은 일련의 서열에서 자주 나타나는 짧은 서열을 식별하는 과정이다. 이것은 기능이나 구조에 중요 할 수있는 유전자 또는 단백질에서 보존 된 영역을 식별하는 데 사용될 수 있습니다.
이것들은 fasta 파일을 분석 할 수있는 여러 가지 방법 중 하나 일뿐입니다. 사용되는 특정 방법은 분석 목표에 따라 다릅니다.
다음은 fasta 파일을 분석하는 데 사용할 수있는 소프트웨어 도구입니다.
- Blast : Blast는 서열 정렬을위한 인기있는 도구입니다. 둘 이상의 시퀀스를 정렬 한 다음 이들 사이의 유사성과 차이점을 식별하는 데 사용될 수 있습니다.
- Clustalw : Clustalw는 다중 서열 정렬을위한 인기있는 도구입니다. 여러 시퀀스를 정렬 한 다음 이들 사이의 유사성과 차이점을 식별하는 데 사용될 수 있습니다.
- PHYML : PHYML은 계통 발생 학적 분석을위한 인기있는 도구입니다. 그것은 일련의 시퀀스의 진화 트리를 추론하는 데 사용될 수 있습니다.
- Genemark : Genemark는 유전자 발견을위한 인기있는 도구입니다. DNA 서열에서 유전자를 식별하는 데 사용될 수 있습니다.
- Rosetta : Rosetta는 단백질 구조 예측을위한 인기있는 도구입니다. 아미노산 서열로부터 단백질의 3 차원 구조를 예측하는 데 사용될 수있다.
- MEME : MEME는 모티프 발견을위한 인기있는 도구입니다. 일련의 시퀀스에서 자주 나타나는 짧은 시퀀스를 식별하는 데 사용할 수 있습니다.