Apa itu file .fasta?
File fasta adalah format berbasis teks untuk mewakili urutan nukleotida atau sekuens asam amino, di mana nukleotida atau asam amino diwakili menggunakan kode huruf tunggal. Format memungkinkan nama dan komentar urutan untuk mendahului urutan.
File FASTA adalah format umum untuk menyimpan data urutan biologis. Mereka digunakan oleh berbagai alat perangkat lunak untuk penelitian bioinformatika, seperti penyelarasan urutan, analisis filogenetik, dan penemuan gen.
File fasta terdiri dari dua bagian:
- Header: Ini adalah garis tunggal yang dimulai dengan tanda yang lebih besar dari (>), diikuti oleh pengidentifikasi urutan. Pengidentifikasi urutan adalah nama unik untuk urutannya. Ini bisa berupa teks apa pun, tetapi biasanya nama organisme atau sumber urutan.
- Urutan: Ini adalah data urutan aktual. Ini adalah string huruf kontinu, mewakili nukleotida atau asam amino dalam urutan.
Berikut adalah contoh file fasta untuk urutan DNA:
>DNA_sequence ATGCGGTCGAACGT
Dalam contoh ini, header dimulai dengan tanda yang lebih besar dari (>), diikuti oleh pengidentifikasi urutan, DNA_sequence . Data urutan kemudian merupakan string huruf kontinu, ATGCGGTCGAACGT .
Berikut adalah beberapa keuntungan menggunakan format fasta :
- Ini adalah format yang sederhana dan mudah dibaca.
- Ini adalah format yang didukung secara luas, dan ada banyak perangkat perangkat lunak yang dapat membaca dan menulis file fasta.
- Ini adalah format yang ringkas, yang membuatnya efisien untuk menyimpan dan mentransfer data urutan.
Berikut adalah beberapa kelemahan menggunakan format fasta :
- Itu tidak mendukung fitur seperti celah dan struktur sekunder.
- Mungkin sulit untuk mencari sekuens dalam file fasta.
- Ini bukan format yang menggambarkan diri sendiri, yang berarti bahwa perangkat lunak yang membaca file harus mengetahui format untuk menafsirkannya dengan benar.
Secara keseluruhan, format fasta adalah format sederhana dan efisien untuk menyimpan data urutan biologis. Ini didukung secara luas oleh perangkat lunak dan mudah dibaca dan ditulis. Namun, itu tidak mendukung beberapa fitur yang penting untuk beberapa aplikasi, seperti kesenjangan dan struktur sekunder.
Bagaimana cara membuka, mengedit file fasta?
Ada banyak cara untuk membuka dan mengedit file fasta . Berikut beberapa metode umum:
- Menggunakan Editor Teks: Editor teks apa pun dapat digunakan untuk membuka dan mengedit file fasta. Namun, penting untuk dicatat bahwa tidak semua editor teks akan memformat file dengan benar. Beberapa editor teks umum yang dapat digunakan untuk membuka dan mengedit file fasta termasuk Notepad, Teks Sublime , dan Atom .
- Menggunakan alat perangkat lunak bioinformatika: Ada banyak perangkat perangkat lunak bioinformatika yang dapat digunakan untuk membuka dan mengedit file fasta. Beberapa alat perangkat lunak bioinformatika umum yang dapat digunakan untuk membuka dan mengedit file fasta termasuk BioEdit , Geneious , dan Sequencher .
- Menggunakan editor fasta online: Ada juga sejumlah editor fasta online yang dapat digunakan untuk membuka dan mengedit file fasta. Beberapa editor fasta online populer termasuk FASTA ID , FASTA Editor , dan FASTA Online .
Untuk membuka file fasta di editor teks, cukup klik dua kali pada nama file. File akan terbuka di editor teks. Untuk mengedit file, cukup buat perubahan yang diinginkan dan kemudian simpan file.
Untuk membuka file fasta di perangkat perangkat lunak bioinformatika, luncurkan alat perangkat lunak dan kemudian pilih opsi "buka" atau "impor". Jelajahi file fasta dan kemudian pilih untuk membukanya. Untuk mengedit file, buat perubahan yang diinginkan dan kemudian simpan file.
Untuk membuka file fasta di editor fasta online, cukup buka situs web editor fasta online dan kemudian unggah file fasta. File akan dibuka di editor online. Untuk mengedit file, buat perubahan yang diinginkan dan kemudian klik tombol "Simpan".
Berikut adalah beberapa hal yang perlu diingat saat membuka dan mengedit file fasta :
- Pastikan bahwa editor teks atau perangkat perangkat lunak bioinformatika yang Anda gunakan mendukung format fasta.
- Berhati -hatilah untuk tidak mengubah format file, karena ini bisa membuatnya tidak dapat dibaca oleh perangkat lunak lain.
- Jika Anda mengedit file fasta, pastikan untuk menyimpan file dengan nama dan ekstensi yang sama. Ini akan mencegah file menjadi rusak.
Bagaimana cara mengonversi file fasta ke format lain?
File fasta dapat dikonversi ke berbagai format file lainnya, termasuk:
- GenBank : Format GenBank adalah format populer untuk menyimpan data urutan biologis. Ini adalah format yang lebih terstruktur daripada FASTA, dan juga dapat menyimpan informasi tambahan tentang urutan, seperti organisme dan sumber urutan.
- Phylip : Format Phylip adalah format untuk menyimpan data filogenetik. Ini dapat digunakan untuk menyimpan file fasta, serta jenis data filogenetik lainnya.
- CLUSTAL : Format clustal adalah format untuk menyimpan beberapa urutan urutan. Ini dapat digunakan untuk menyimpan file fasta, serta jenis lain dari perataan beberapa urutan.
- PFAM : Format PFAM adalah format untuk menyimpan keluarga protein. Ini dapat digunakan untuk menyimpan file fasta, serta jenis data keluarga protein lainnya.
- MAF: Format MAF adalah format untuk menyimpan beberapa urutan urutan dengan celah. Ini dapat digunakan untuk menyimpan file fasta, serta jenis lain dari perataan beberapa urutan dengan celah.
Ada banyak cara untuk mengonversi file fasta ke format lain. Berikut beberapa metode umum:
- Menggunakan Editor Teks: Editor teks apa pun dapat digunakan untuk mengonversi file fasta ke format lain. Namun, penting untuk dicatat bahwa tidak semua editor teks akan memformat file dengan benar. Untuk mengonversi file fasta ke format lain menggunakan editor teks, cukup buka file di editor teks dan kemudian simpan dalam format yang diinginkan.
- Menggunakan alat perangkat lunak bioinformatika: Ada banyak perangkat perangkat lunak bioinformatika yang dapat digunakan untuk mengonversi file fasta ke format lain. Beberapa perangkat perangkat lunak bioinformatika umum yang dapat digunakan untuk mengonversi file fasta ke format lain termasuk bioedit, geneious, dan sequencher. Untuk mengonversi file fasta ke format lain menggunakan alat perangkat lunak bioinformatika, luncurkan alat perangkat lunak dan kemudian pilih opsi "Convert" atau "Ekspor". Pilih file fasta dan kemudian pilih format yang diinginkan untuk mengonversi file ke.
- Menggunakan konverter fasta online: Ada juga sejumlah konverter fasta online yang dapat digunakan untuk mengonversi file fasta ke format lain. Beberapa konverter fasta online populer termasuk fasta ID, fasta Editor, dan fasta Online. Untuk mengonversi file fasta ke format lain menggunakan konverter fasta online, cukup buka situs web konverter fasta online dan kemudian unggah file fasta. File akan dikonversi ke format yang diinginkan dan kemudian Anda dapat mengunduh file yang dikonversi.
Menganalisis file fasta
Ada banyak cara untuk menganalisis file fasta . Berikut beberapa metode umum:
- Penyelarasan urutan: Penyelarasan urutan adalah proses menyelaraskan dua atau lebih urutan untuk mengidentifikasi persamaan dan perbedaan di antara mereka. Ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi urutan terkait, seperti gen atau protein dari organisme yang sama atau dari organisme yang berbeda.
- Analisis filogenetik: Analisis filogenetik adalah studi tentang hubungan evolusi antara organisme. Ini dapat dilakukan dengan menyelaraskan urutan dari organisme yang berbeda dan kemudian menggunakan program komputer untuk menyimpulkan pohon evolusi.
- Temuan Gen: Temuan gen adalah proses mengidentifikasi gen dalam urutan DNA. Ini dapat dilakukan dengan mencari sekuens yang cocok dengan gen yang diketahui atau dengan menggunakan program komputer untuk memindai urutan gen potensial.
- Prediksi struktur protein: Prediksi struktur protein adalah proses memprediksi struktur tiga dimensi protein dari urutan asam amino. Ini dapat dilakukan dengan menggunakan program komputer untuk menghitung energi potensial dari berbagai struktur dan kemudian memilih struktur dengan energi terendah.
- Temuan motif: Temuan motif adalah proses mengidentifikasi sekuens pendek yang sering muncul dalam serangkaian urutan. Ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi daerah yang dilestarikan dalam gen atau protein, yang dapat menjadi penting untuk fungsi atau struktur.
Ini hanya beberapa dari banyak cara file fasta dapat dianalisis. Metode spesifik yang digunakan akan tergantung pada tujuan analisis.
Berikut adalah beberapa alat perangkat lunak yang dapat digunakan untuk menganalisis file fasta:
- Blast : Blast adalah alat populer untuk penyelarasan urutan. Ini dapat digunakan untuk menyelaraskan dua atau lebih urutan dan kemudian mengidentifikasi persamaan dan perbedaan di antara mereka.
- ClustalW : ClustalW adalah alat populer untuk penyelarasan urutan berganda. Ini dapat digunakan untuk menyelaraskan beberapa urutan dan kemudian mengidentifikasi persamaan dan perbedaan di antara mereka.
- PHYML : PHYML adalah alat populer untuk analisis filogenetik. Ini dapat digunakan untuk menyimpulkan pohon evolusi dari serangkaian urutan.
- Genemark: Genemark adalah alat populer untuk menemukan gen. Ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen dalam urutan DNA.
- Rosetta: Rosetta adalah alat populer untuk prediksi struktur protein. Ini dapat digunakan untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein dari urutan asam amino.
- Meme: Meme adalah alat populer untuk menemukan motif. Ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi sekuens pendek yang sering muncul dalam serangkaian urutan.