Що таке файл BAM ?
Файл BAM ( карта бінарного вирівнювання ) - це формат файлу, який використовується для зберігання результатів вирівнювання зчитування послідовності до референтного геному. Це стисла бінарна версія файлу SAM, яка є більш прочитаним людиною форматом. Файли BAM є меншими та ефективнішими для зберігання та роботи, ніж файли SAM, що робить їх кращим форматом для зберігання та аналізу великих кількостей даних про послідовність.
Файли BAM складаються з двох основних розділів:
- Заголовок : розділ заголовка містить інформацію про еталонний геном та зчитування послідовності, такі як назва зразка, платформа послідовності та довжина читання.
- Розділ вирівнювання: Розділ вирівнювання містить вирівнювані читання, які представлені як серія записів. Кожен запис містить інформацію про читання, наприклад, його послідовність, його положення в референтному геномі та його показник якості.
Файли BAM використовуються для різних цілей у геноміці, включаючи:
- Варіантний дзвінок: ідентифікація генетичних варіантів, таких як одношуклеотидні поліморфізми (SNP) та вставки та делеції (Indels).
- Аналіз експресії генів: кількісна оцінка експресії генів у зразку.
- Збір геному: Збір геному нового організму.
- Епігеноміка: вивчення епігенетичних модифікацій ДНК.
Для відкриття та аналізу файлів BAM ви можете використовувати різноманітні програмні засоби, такі як Samtool S, BWA та GATK. Ці інструменти можна використовувати для виконання різноманітних операцій на файлах BAM , таких як фільтрація читання, перетворення форматів та варіанти виклику.
. BAM - це формат музичного файлу Боба Адліба?
Іноді ,.
BAM може бути розширенням для
формату музичного файлу Bob's Adlib - Цей формат рідше використовується. Файл
BAM , ніж файл картки двійкової вирівнювання. Цей формат був розроблений Britech International/Hamster Republic Productions для використання зі звуковою карткою Adlib. Це мелодійний формат, який призначений для того, щоб добре використати можливості синтезу FM на чіпі Adlib. Файли
BAM не такі поширені, як раніше, але вони все ще можуть грати за допомогою емуляторів Adlib або програмних гравців, таких як Adplug або Hamusic.
У цій статті ми згадуємо. Файл
BAM як
файл картки двійкової вирівнювання .
Відкриття файлу BAM :
Відкриття файлу BAM зазвичай передбачає використання спеціалізованих програмних засобів, розроблених для обробки цих форматів даних. Деякі часто використовувані інструменти включають:
Samtools : Samtool S - це широко використовуваний інструмент для маніпулювання даними про вирівнювання послідовностей, включаючи файли BAM . Він може відкривати, переглядати та маніпулювати файлами BAM , що робить його універсальним інструментом для різних геномних аналізів.
IGV (інтегративний геномічний переглядач) : IGV - графічний переглядач геномних даних, включаючи файли BAM . Він забезпечує візуальне зображення вирівняних зчитувань, що дозволяє легко перевірити та проаналізувати дані про вирівнювання.
GenomeViewers : Genomeviewers - це програмні засоби, розроблені для візуалізації геномних даних, включаючи файли BAM . Вони пропонують інтерактивні візуалізації даних про вирівнювання, що дозволяє дослідникам досліджувати та аналізувати дані більш інтуїтивно зрозуміло.
Файли Сем проти Бам :
SAM (карта вирівнювання послідовності) та BAM (двійкова карта вирівнювання) - це обидва формати файлів, які використовуються для зберігання даних про вирівнювання послідовності. Однак вони відрізняються своїм сховищем та представленням:
SAM : Файли SAM-це текстові файли, що читаються людиною, які містять детальну інформацію про вирівняні зчитування, включаючи їх послідовність, положення в референтному геномі та оцінку якості.
БАМ : Файли BAM - це стиснуті бінарні версії файлів SAM. Вони менші та ефективніші для зберігання та обробки, що робить їх кращим форматом для обробки великих наборів даних.
Перетворення BAM в Сем:
Перетворення файлу BAM у файл SAM передбачає декомпресію бінарних даних та перетворення його назад у формат тексту. Цього можна досягти за допомогою таких інструментів:
Samtool S: Samtool S надає команду samtools view для перетворення файлів BAM у файли SAM.
Bedtools: Bedtools - це ще один інструмент, який може перетворити файли BAM у файли SAM за допомогою команди bedtools bamtobed .
Аналіз файлів BAM :
Аналіз файлів BAM передбачає використання різних обчислювальних методів для отримання значущої інформації з даних про вирівнювання. Поширені аналітичні завдання включають:
Варіантний дзвінок: ідентифікація генетичних варіантів, таких як одношуклеотидні поліморфізми (SNP) та вставки та делеції (Indels).
Аналіз експресії генів: кількісна оцінка експресії генів у зразку.
Збір геному: Збір геному нового організму.
Епігеноміка: вивчення епігенетичних модифікацій ДНК.
Поширені проблеми з файлами та рішеннями BAM :
Пошкоджені файли bam: пошкоджені файли BAM можуть призвести до помилок під час аналізу. Використовуйте такі інструменти, як samtools check , щоб визначити та відновити пошкоджені файли BAM .
Неправильне індексація: індексація файлів BAM покращує ефективність пошуку даних. Використовуйте такі інструменти, як samtools index для індексу файлів BAM .
Невідповідні дані: Перевірте наявність невідповідностей у метаданих та даних вирівнювання за допомогою таких інструментів, як samtools view .
Використання Samtool S для маніпулювання файлами BAM :
Samtool S - це універсальний інструмент для маніпулювання файлами BAM . Він надає різні команди для таких завдань, як:
Перегляд файлів BAM : Використовуйте samtools view для відображення вмісту файлу BAM .
Сортування файлів BAM : Використовуйте samtools sort , щоб сортувати файли BAM на основі координат.
Фільтрування файлів BAM : Використовуйте samtools view з параметрами фільтрації, щоб вибрати конкретні зчитування на основі різних критеріїв.
Об'єднання файлів BAM : Використовуйте samtools merge для поєднання декількох файлів BAM в один файл.
Перетворення файлів BAM в інші формати: Використовуйте samtools view з параметрами виводу, щоб перетворити файли BAM в інші формати, такі як SAM або BED.
Пам'ятайте, конкретний інструмент та використання командування можуть змінюватися залежно від завдання та характеристик даних.