.CRAM - Rozszerzenie pliku

Format pliku wyrównania opracowany przez EBI, zewnętrzne europejskie laboratorium biologii molekularnej; przechowuje wyrównania odczytu krótkiego sekwencji DNA generowane z krótkich wyrównników odczytu, takich jak BWA, BBMAP i BLAT.

Format pliku cram jest podobny do formatu pliku binarnego dopasowania/mapy (BAM), ale ma lepszą kompresję pliku i restrukturyzowany format kontenera binarnego zorientowanego na kolumnę. Wraz ze wzrostem objętości danych w polu oprogramowania genetycznego format cram został zaprojektowany w celu zmniejszenia wydruku stopy z dyskami z danych.

Krótkie wyrównanie czytania to proces rozszyfrowania, skąd pochodzi sekwencja w genomie. Może to być trudne, ponieważ genom referencyjny jest dość duży i nie zawsze szukasz dokładnych dopasowań w genomie referencyjnym. Krótkie wyrównniki są używane do wyszukiwania ogromnych sekwencji dla dopasowań i bliskich meczów. Ponieważ sekwencje są tak duże, kompresja dostarczana przez formaty takie jak cram jest niezbędna do zarządzania wielkościami plików.