.CRAM - Розширення файлу

Формат файлу стисненого вирівнювання, розроблений EBI, перевагою європейської лабораторії молекулярної біології; Зберігає коротку послідовність ДНК, прочитані вирівнювання, що генеруються з коротких вирівнювачів, таких як BWA, BBMAP та BLAT.

Формат файлу cram схожий на формат файлу двійкового вирівнювання/карти (BAM), але має кращу стиснення файлів та реструктурований формат двійкового контейнера, орієнтований на стовпчик. У міру збільшення обсягів даних у полі генетичного програмного забезпечення формат cram був розроблений для зменшення друку дискової ноги даних вирівнювання.

Коротке вирівнювання читання - це процес розшифровки, звідки в геномі походить послідовність. Це може бути складно, оскільки еталонний геном досить великий, і ви не завжди шукаєте точні відповідності в референтному геномі. Короткі вирівнювання читання використовуються для пошуку величезних послідовностей для матчів та майже матчів. Оскільки послідовності настільки великі, стиснення, що надається форматами, такими як cram, необхідне для підтримки розмірів файлів.