.samはシーケンスアライメント/マップファイルまたはmod編集サンプルファイルです。
| 特徴 | 説明 |
|---|---|
| フォーマット | テキストベース |
| 目的 | リファレンスシーケンスに合わせた生物学的配列を保存します |
| アプリケーション | ゲノムアセンブリ、バリアント呼び出し、遺伝子発現分析 |
| 重要な要素 | ヘッダーセクション、アライメントセクション |
| ヘッダーセクション | 参照シーケンスとアライメントされた読み取りに関するメタデータが含まれています |
| アライメントセクション | 読み取りごとに個々のアライメントレコードを含む |
| 利点 | 人間が読みやすく、簡単にアクセスできます |
| 制限 | ファイルのサイズは大きい場合があります |
| 代替形式 | BAM（バイナリアライメント/マップ）ファイル - 小さく、より高速な処理 |
このページの内容
SAMファイル、またはシーケンスアラインメント/マップファイルは、参照シーケンスに合わせた生物学的シーケンスを保存するためのテキストベースの形式です。一般に、ゲノムアセンブリ、バリアントコール、遺伝子発現分析などのバイオインフォマティクスアプリケーションで使用されます。
SAMファイルは、2つの主要なセクションで構成されています。
ヘッダーセクション：このセクションには、種、染色体、シーケンスの長さなどの参照シーケンスと整列シーケンスに関する情報が含まれています。
アラインメントセクション：このセクションには、シーケンスの参照シーケンスへのアライメントが含まれています。アライメントセクションの各行は、単一のアラインド読み取りに対応します。
SAMファイルのアライメント情報は、一連のフィールドを使用して表されます。各フィールドには特定の意味があります。最も重要なフィールドには次のものがあります。
SAMファイルは人間が読みやすいですが、より効率的なストレージと処理のために、BAM（バイナリアライメント/マップ）と呼ばれるバイナリ形式に圧縮することもできます。
SAMファイルレコードの例は次のとおりです。
QNAMERNAMEPOSMAPQCIGARRNEXTPNEXTTLENSEQQUAL read1chr110060100M*0100TGGATACCCCAATTTACTGACTTACTTGACTT<<<<<<<<<このレコードは、「read1」という名前の読み取りが、60のマッピング品質で位置100の染色体1に並べられていることを示しています。 RNEXTフィールドとPNEXTフィールドは、それぞれ「*」と0に設定されており、読み取りがペアエンド読み取りの一部ではないことを示しています。 Tlenフィールドは100で、読み取りが100のベースの長さであることを示しています。 SEQフィールドには読み取りシーケンスが含まれ、QUALフィールドには読み取りの各ベースのPHRED品質スコアが含まれています。
SAMファイルは、アライメントデータを保存および交換するための標準化された形式を提供するため、バイオインフォマティクスの研究者にとって貴重なツールです。これらはさまざまなアプリケーションで広く使用されており、今後も重要なツールであり続ける可能性があります。
。 SAMは、サンプルファイルをmod編集することもできます。これは、MOD編集オーディオ編集ソフトウェアで使用されるファイル形式です。 MOD EDITは、音楽モジュールを作成および編集するためのプログラムであり、圧縮形式の音楽データを含む小さなファイルです。 mod編集sam pleファイルには、モジュールで使用されるsam plesの生のオーディオデータが含まれています。
以下は、使用できるさまざまなファイルタイプを要約するテーブルです。 SAM拡張機能：
| ファイルの種類 | 説明 |
|---|---|
| AMI Proドキュメント | Samna Ami Proによって作成されたワープロドキュメント |
| lmhostsサンプルファイル | IPアドレスをホスト名にマップするLMHOSTSファイルのサンプルファイル |
| modサンプルファイルを編集します | MOD編集オーディオ編集ソフトウェアのサンプルファイル |
| シーケンスアラインメント/マップ（SAM）ファイル | 参照シーケンスに並べられた生物学的シーケンスを保存するためのテキストベースの形式 |
aの特定のファイルタイプ。 SAMファイルは通常、それが見つかったコンテキストによって決定できます。たとえば、ファイルが他のオーディオファイルを含むフォルダーに配置されている場合、MOD編集sam pleファイルです。ファイルが他の生物学的データファイルを含むフォルダーにある場合、おそらくSAMファイルです。
SAMファイルは、さまざまなテキストエディターとバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージを使用して開くことができます。いくつかの一般的なオプションには次のものがあります。
Notepad ++：大規模なSAMファイルを処理できる無料のオープンソーステキストエディター。
Samtools： SAMおよびBAMファイルを処理するためのスタンドアロンツール。
Geneious： SAMファイルを表示および分析するためのグラフィカルユーザーインターフェイスを備えた商用バイオインフォマティクスソフトウェアパッケージ。
SAMファイルは、 BAM 、 Samgz 、 Bedなど、他のさまざまな形式に変換できます。 SAMファイルを変換するためのいくつかの一般的なオプションは次のとおりです。
Samtools： SAMファイルをBAM、 Sam GZ、およびベッド形式に変換できます。
BedTools： SAMファイルをベッド形式に変換できます。
Picard： SAMファイルをさまざまな形式に変換するためのツールを含むJavaベースのBioinformatics Toolkit。
SAMとBAMファイルは、両方とも参照シーケンスに整列した生物学的シーケンスを保存するための形式です。 2つの形式の主な違いは、 SAMファイルが人間が読み取るテキストファイルであり、BAMファイルがバイナリファイルであることです。これにより、BAMファイルは読み取りと処理が大幅に小さく、より速くなります。ただし、BAMファイルをテキストエディターで直接編集することはできないため、 SAMファイルは人間の検査と編集に役立ちます。
SAMファイルは、さまざまなバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージを使用して作成できます。いくつかの一般的なオプションには次のものがあります。
BWA：短い読み取りを参照シーケンスに合わせるためのツール。
Bowtie2：短い読み取りを参照シーケンスに合わせるためのもう1つの一般的なツール。
NovoAlign ：速度と精度で評判のあるコマーシャルアライナー。
SAMファイルは、さまざまなテキストエディターとバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージを使用して読み取ることができます。いくつかの一般的なオプションには次のものがあります。
Notepad ++： SAMファイルを人間が読み取る形式で表示できます。
SAMツール： SAMファイルを読み取り、アラインドされた読み取りやマッピング品質スコアなどの特定の情報を抽出できます。
Geneious： SAMファイルのアライメント情報のグラフィカルビューを提供できます。
SAMファイルは、2つの主要なセクションで構成されています。
ヘッダーセクション：種、染色体、シーケンスの長さなど、参照シーケンスと整列した読み取りに関するメタデータが含まれています。
アラインメントセクション：参照シーケンスへの読み取りのアライメントが含まれています。アライメントセクションの各行は、単一のアラインド読み取りに対応します。
SAMファイルで発生する可能性のあるいくつかの一般的な問題は次のとおりです。
複製読み取り：参照シーケンスに合わせて複数回読み取ります。
マップされていない読み取り：参照シーケンスに整合できない読み取り。
間違ったアライメント：正確ではない、または読み取りと参照シーケンスの間の真の生物学的関係を反映していないアライメント。
これらの問題は、シーケンスエラー、低いカバレッジ、複雑なゲノム構造などのさまざまな要因により発生する可能性があります。これらの問題に対処するには、多くの場合、特殊なバイオインフォマティクスの技術とツールが必要です